[日本語] English
万見
- PDB-3co1: Crystal structure of microtubule binding domain of human EB3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3co1
タイトルCrystal structure of microtubule binding domain of human EB3
要素Microtubule-associated protein RP/EB family member 3
キーワードPROTEIN BINDING / RP/EB family / CH domain / microtubule-binding / +TIP protein / Cell cycle / Cell division / Mitosis / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / microtubule organizing center / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle assembly ...mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / microtubule organizing center / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / spindle assembly / spindle midzone / protein localization / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / cell division / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily ...EB1, C-terminal / Microtubule-associated protein RP/EB / EB1, C-terminal domain superfamily / EB1-C terminal (EB1-C) domain profile. / EB1-like C-terminal motif / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein RP/EB family member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者De Groot, C.O. / Honnappa, S. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2009
タイトル: Mammalian end binding proteins control persistent microtubule growth.
著者: Komarova, Y. / De Groot, C.O. / Grigoriev, I. / Gouveia, S.M. / Munteanu, E.L. / Schober, J.M. / Honnappa, S. / Buey, R.M. / Hoogenraad, C.C. / Dogterom, M. / Borisy, G.G. / Steinmetz, M.O. / Akhmanova, A.
履歴
登録2008年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein RP/EB family member 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4031
ポリマ－15,4031
非ポリマー00
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.188, 85.365, 32.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated protein RP/EB family member 3 / End-binding protein 3 / EB3 / EB1 protein family member 3 / EBF3 / RP3


分子量: 15402.819 Da / 分子数: 1 / 断片: CH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Invitrogen Gateway / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE(3) / 参照: UniProt: Q9UPY8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.04M potassium phosphate, 16% PEG 8000, 20% glycerol anhydrous, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 25525 / Num. obs: 25525 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 10.85
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PA7

1pa7


解像度: 1.4→42.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.015 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23355 1296 5.1 %RANDOM
Rwork0.20001 ---
all0.20161 24229 --
obs0.20161 24229 96.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1083 0 0 151 1234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.9321514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4945135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.13724.64356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34615206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.078153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9362673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.69831065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4414.5506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.396447
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 84 -
Rwork0.302 1651 -
obs--92.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0131-0.1531-0.011.49470.07972.1750.0444-0.05420.2084-0.0522-0.01650.0586-0.0574-0.0362-0.02790.0528-0.0269-0.01060.0244-0.00840.0882-3.580420.4453-1.2461
213.9048.04883.912622.5753.91051.84250.1982-0.1199-0.28220.3633-0.0655-0.16870.2656-0.0132-0.13280.12860.01930.00020.06140.03560.0915-3.66891.0339-1.2856
33.81750.0599-0.04523.417-0.58143.0131-0.02570.1133-0.1219-0.00710.0544-0.05450.1069-0.0855-0.02870.0565-0.00810.0014-0.00430.01730.0626-14.47651.4105-4.7855
41.4429-1.0855-0.5062.97391.34331.50410.0354-0.0252-0.0348-0.0716-0.07290.06760.0391-0.09030.03740.04270.003-0.00560.00920.00980.0272-17.104212.9572-7.9309
59.1566-0.7339-0.7716.5915-0.40155.3454-0.0371-0.08260.0411-0.0018-0.1872-0.07330.051-0.40580.22440.0449-0.035-0.01470.10920.01550.0433-24.687112.9974-15.2186
62.1287-0.5964-0.88794.02-0.48998.2607-0.05980.1296-0.2834-0.20810.09780.12270.638-0.193-0.0380.0777-0.0157-0.00070.0024-0.01450.0159-17.1738.2391-21.6999
75.7151.21452.3167.67346.023913.4067-0.20070.2430.1305-0.6090.0911-0.1283-0.15860.33880.10960.0934-0.00310.01080.02630.00930.0192-14.919418.8306-15.6205
85.82720.8135-0.58695.61111.83933.9405-0.0670.0871-0.0358-0.26590.0188-0.1432-0.14910.110.04820.0599-0.01690.01320.00860.02020.0545-9.43921.9488-11.0851
910.4714-1.13540.725413.81694.36729.15010.05960.69720.2385-0.4872-0.0647-0.51460.07330.46190.00510.03820.02840.05240.02690.02090.0216-6.7879.0369-20.6638
1012.7885-1.13060.889815.15770.22031.3010.23470.6737-0.6327-0.6002-0.1648-0.73310.23990.3908-0.06990.0450.06270.02270.0487-0.03870.0915-2.56084.1633-13.6876
112.5594-1.2057-0.27410.85940.37761.51960.0191-0.1497-0.0390.0596-0.0117-0.0540.0715-0.0433-0.00740.0271-0.004-0.00160.00860.01230.0565-9.729813.5459-1.7207
122.99283.0507-1.56613.15818.027327.3543-0.0481-0.001-0.3755-0.4207-0.1933-0.4179-0.00310.37470.24140.0004-0.00230.02570.03270.03370.054-26.971410.2364-3.456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 121 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2AA13 - 1815 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3AA19 - 3621 - 38
4X-RAY DIFFRACTION4AA37 - 5639 - 58
5X-RAY DIFFRACTION5AA57 - 6459 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6AA65 - 7567 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7AA76 - 8178 - 83
8X-RAY DIFFRACTION8AA82 - 9184 - 93
9X-RAY DIFFRACTION9AA92 - 9994 - 101
10X-RAY DIFFRACTION10AA100 - 106102 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11AA107 - 122109 - 124
12X-RAY DIFFRACTION12AA123 - 130125 - 132

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る