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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cne | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the putative protease I from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
要素 | Putative protease I | ||||||
キーワード | HYDROLASE / protease I / Structural genomics / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of the putative protease I from Bacteroides thetaiotaomicron. 著者: Zhang, R. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cne.cif.gz | 148 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cne.ent.gz | 124.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cne.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cne | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19544.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron / 株: VPI-5482 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / 遺伝子: GI:29338570, BT_1263 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8A8A4 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. all: 45542 / Num. obs: 45132 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 17.54 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.045 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / Num. unique all: 3512 / % possible all: 91.46 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→36.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.898 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.17 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→36.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.045 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.0404 Å / Origin y: 15.2406 Å / Origin z: 9.8183 Å
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精密化 TLSグループ |
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