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- PDB-3cn7: Crystal Structure Analysis of the Carboxylesterase PA3859 from Ps... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cn7
タイトルCrystal Structure Analysis of the Carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa PAO1- MONOCLINIC CRYSTAL FORM
要素Carboxylesterase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold super-family
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Pesaresi, A. / Lamba, D.
引用
ジャーナル: Biochimie / 年: 2010
タイトル: Insights into the fatty acid chain length specificity of the carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa: A combined structural, biochemical and computational study.
著者: Pesaresi, A. / Lamba, D.
#1: ジャーナル: CURR.MICROBIOL. / 年: 2005
タイトル: Isolation, Characterization, and Heterologous Expression of a Carboxylesterase of Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Pesaresi, A. / Devescovi, G. / Lamba, D. / Venturi, V. / Degrassi, G.
#2: ジャーナル: BIOCHEM.BIOPHYS.ACTA PROTEINS & PROTEOMICS / 年: 2005
タイトル: Crystallization, X-ray Diffraction Analysis and Phasing of Carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Pesaresi, A. / Lamba, D.
履歴
登録2008年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxylesterase
B: Carboxylesterase
C: Carboxylesterase
D: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2706
ポリマ－98,8804
非ポリマー3902
水1,69394
1
A: Carboxylesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7201
ポリマ－24,7201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9152
ポリマ－24,7201
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Carboxylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9152
ポリマ－24,7201
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Carboxylesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7201
ポリマ－24,7201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.649, 50.548, 142.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Carboxylesterase


分子量: 24719.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA3859 / プラスミド: pQE-31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 (pREP4) / 参照: UniProt: Q9HXE7, carboxylesterase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 0.200 M AMS, 0.100 M MES, 30% w/v PEGMME-5000, Long needles grew within 3 days, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月31日 / 詳細: THREE-SEGMENT PT-COATED TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL (SI111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→24.3 Å / Num. obs: 18803 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 56.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.98→3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AUO, CHAIN A

1auo


解像度: 2.99→23.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 550394.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1849 9.8 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 18803 97.5 %-
all-18812 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.77 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.79 Å20 Å2-2.14 Å2
2--1.44 Å20 Å2
3---5.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→23.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6584 0 22 94 6700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.8061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.1732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.4952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.8382.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAIN
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 285 9.5 %
Rwork0.291 2708 -
obs--94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MES.PARMES.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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