+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cn7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure Analysis of the Carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa PAO1- MONOCLINIC CRYSTAL FORM | ||||||
![]() | Carboxylesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold super-family | ||||||
機能・相同性 | Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Carboxylesterase![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pesaresi, A. / Lamba, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into the fatty acid chain length specificity of the carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa: A combined structural, biochemical and computational study. 著者: Pesaresi, A. / Lamba, D. #1: ジャーナル: CURR.MICROBIOL. / 年: 2005 タイトル: Isolation, Characterization, and Heterologous Expression of a Carboxylesterase of Pseudomonas aeruginosa PAO1 著者: Pesaresi, A. / Devescovi, G. / Lamba, D. / Venturi, V. / Degrassi, G. #2: ジャーナル: BIOCHEM.BIOPHYS.ACTA PROTEINS & PROTEOMICS / 年: 2005 タイトル: Crystallization, X-ray Diffraction Analysis and Phasing of Carboxylesterase PA3859 from Pseudomonas aeruginosa 著者: Pesaresi, A. / Lamba, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 137.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24719.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 0.200 M AMS, 0.100 M MES, 30% w/v PEGMME-5000, Long needles grew within 3 days, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月31日 / 詳細: THREE-SEGMENT PT-COATED TOROIDAL MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL (SI111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.98→24.3 Å / Num. obs: 18803 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 56.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.98→3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 98.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AUO, CHAIN A 解像度: 2.99→23.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 550394.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.77 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.99→23.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAIN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.99→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|