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- PDB-3clr: Crystal structure of the R236A ETF mutant from M. methylotrophus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3clr
タイトルCrystal structure of the R236A ETF mutant from M. methylotrophus
要素(Electron transfer flavoprotein subunit ...) x 2
キーワードELECTRON TRANSPORT / ETF / TMADH / electron transfer / flavoprotein / FAD / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Electron transfer flavoprotein, beta-subunit, conserved site / Electron transfer flavoprotein subunit alpha, conserved site / Electron transfer flavoprotein alpha-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein beta-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal ...Electron transfer flavoprotein, beta-subunit, conserved site / Electron transfer flavoprotein subunit alpha, conserved site / Electron transfer flavoprotein alpha-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein beta-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, C-terminal / Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain / Electron transfer flavoprotein domain / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Electron transfer flavoprotein subunit beta / Electron transfer flavoprotein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Katona, G. / Leys, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Probing the dynamic interface between trimethylamine dehydrogenase (TMADH) and electron transferring flavoprotein (ETF) in the TMADH-2ETF complex: role of the Arg-alpha237 (ETF) and Tyr- ...タイトル: Probing the dynamic interface between trimethylamine dehydrogenase (TMADH) and electron transferring flavoprotein (ETF) in the TMADH-2ETF complex: role of the Arg-alpha237 (ETF) and Tyr-442 (TMADH) residue pair.
著者: Burgess, S.G. / Messiha, H.L. / Katona, G. / Rigby, S.E. / Leys, D. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2008年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Electron transfer flavoprotein subunit beta
D: Electron transfer flavoprotein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8265
ポリマ－62,5982
非ポリマー1,2283
水13,169731
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-48.2 kcal/mol
Surface area22210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.009, 117.009, 84.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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Electron transfer flavoprotein subunit ... , 2種, 2分子 CD

#1: タンパク質 Electron transfer flavoprotein subunit beta / Beta-ETF / Electron transfer flavoprotein small subunit / ETFSS


分子量: 28929.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
遺伝子: etfB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53570
#2: タンパク質 Electron transfer flavoprotein subunit alpha / Alpha-ETF / Electron transfer flavoprotein large subunit / ETFLS


分子量: 33668.023 Da / 分子数: 1 / Mutation: R237A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylophilus methylotrophus (バクテリア)
遺伝子: etfA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53571

-
非ポリマー , 4種, 734分子

#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: limited digest with trypsin, 2.0 M sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 49299 / Num. obs: 49299 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 8.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1O97

1o97


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.411 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18169 2610 5 %RANDOM
Rwork0.14775 ---
obs0.14947 49299 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.17 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4252 0 81 731 5064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224481
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9886112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84239516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.385588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99625.363179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96315732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3141522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.24312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.6950.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3350.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9331.53083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2341.51192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25324659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23231768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3494.51453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 185 -
Rwork0.168 3497 -
obs--97.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7801-0.1068-0.19790.77070.14840.81650.0039-0.0032-0.07730.00450.01850.01120.09240.0468-0.0224-0.1389-0.0181-0.0177-0.129-0.0061-0.117482.39245.0110.642
21.8121-0.7413-1.54060.7731.19011.97710.13660.25260.011-0.1362-0.2476-0.0469-0.3028-0.58990.1111-0.09290.0955-0.00810.06010.0172-0.109854.89964.045-22.418
31.16150.41210.25560.76870.31750.76170.0374-0.11710.09850.0699-0.0330.0685-0.0863-0.0566-0.0044-0.1342-0.00830.0141-0.1306-0.0042-0.127373.90764.02813.896
41.43670.1011-0.13621.01240.19663.09140.12320.12850.0932-0.0958-0.111-0.0887-0.3148-0.0043-0.0122-0.10630.03920.0224-0.06560.0215-0.106469.0164.924-18.52
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CA1 - 2361 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2CA237 - 261237 - 261
3X-RAY DIFFRACTION3DB1 - 1942 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4DB195 - 318196 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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