PDB-3clj: Structure of the RNA polymerase II CTD-interacting domain of Nrd1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3clj

タイトル

Structure of the RNA polymerase II CTD-interacting domain of Nrd1

要素

Protein NRD1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / CTD-interacting domain / Nucleus / Phosphoprotein / RNA POLYMERASE II binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / sno(s)RNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / snRNA 3'-end processing / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-end processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Vasiljeva, L. / Kim, M. / Mutschler, H. / Buratowski, S. / Meinhart, A.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Nrd1-Nab3-Sen1 termination complex interacts with the Ser5-phosphorylated RNA polymerase II C-terminal domain.
著者: Vasiljeva, L. / Kim, M. / Mutschler, H. / Buratowski, S. / Meinhart, A.

履歴

登録	2008年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3clj.cif.gz	43.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3clj.ent.gz	31 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3clj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3clj_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3clj_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	3clj_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	3clj_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3clj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3clj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mlr-d 2mgm-d 1do1-d 1mlh-d 6ib6-d 2oha-d 1moc-d 2myc-d 6qtm-3 2spn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein NRD1

ヘテロ分子

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.200, 80.200, 62.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Protein NRD1 分子量: 17725.107 Da / 分子数: 1 / 断片: CTD-interacting domain, unp residues 6-151 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NRD1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P53617
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Na-citrate buffer, 1.4 M (NH4)2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.07176 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07176 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 13057 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / R_merge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 752 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 8.084 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Phases were derived after rigid body refinement using a model previously determined by MAD.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	705	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.19288	13057	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.037 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.91 Å²	0.95 Å²	0 Å²
2-	-	1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1149	0	29	56	1234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.714	1.984	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.395	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.66	24.364	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.296	15	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.548	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	865
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.961	1.5	761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.526	2	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.623	3	520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.749	4.5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.146 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	36	-
R_work	0.266	783	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 36.3663 Å / Origin y: -12.07 Å / Origin z: 14.9273 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1658 Å²	0.0554 Å²	-0.0036 Å²	-	-0.2235 Å²	0.0309 Å²	-	-	-0.1846 Å²
L	2.1098 °²	0.6246 °²	1.2934 °²	-	3.8799 °²	0.9698 °²	-	-	8.311 °²
S	-0.0458 Å °	-0.0086 Å °	-0.0364 Å °	0.1823 Å °	0.2956 Å °	0.1254 Å °	-0.108 Å °	-0.2662 Å °	-0.2498 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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