PDB-3cl7: Crystal structure of Puue Allantoinase in complex with Hydantoin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cl7

タイトル

Crystal structure of Puue Allantoinase in complex with Hydantoin

要素

Puue Allantoinase

キーワード

HYDROLASE / Allantoinase / uric acid degradation / hydantoin

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ramazzina, I. / Cendron, L. / Folli, C. / Berni, R. / Monteverdi, D. / Zanotti, G. / Percudani, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Logical identification of an allantoinase analog (puuE) recruited from polysaccharide deacetylases
著者: Ramazzina, I. / Cendron, L. / Folli, C. / Berni, R. / Monteverdi, D. / Zanotti, G. / Percudani, R.

履歴

登録	2008年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cl7.cif.gz	137 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cl7.ent.gz	107.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cl7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cl7_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cl7_full_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示
XML形式データ	3cl7_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	3cl7_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3cl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3cl7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cl6SC 3cl8C 1z7a S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cl6-2 3cl8-2 3cl6-1 1z7a-2 3cl8-1 1z7a-1 3s6o-d 3rxz-d 3qbu-d 4ly4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Puue Allantoinase

B: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

71.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

A: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

A: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

A: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

B: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

B: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

B: Puue Allantoinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.135, 98.135, 62.103
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

#1: タンパク質	Puue Allantoinase 分子量: 35468.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / プラスミド: pGEM-Puue / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q3KFK7*PLUS, allantoinase
#2: 化合物	ChemComp-HYN / imidazolidine-2,4-dione / Hydantoin / ヒダントイン分子量: 100.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED IN GENEBANK, WITH ACCESSION CODE EU293536, AND IT WILL BE LOCATED ...THIS SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED IN GENEBANK, WITH ACCESSION CODE EU293536, AND IT WILL BE LOCATED IN UNIPROTKB LATER.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M NaCacodylate, 30% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→53 Å / Num. all: 54454 / Num. obs: 54454 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 7551 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CL6

3cl6

解像度: 1.8→46.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 3.183 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22527	2761	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19974	-	-	-
obs	0.20107	51686	99.16 %	-
all	-	51686	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.733 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4946	0	14	252	5212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	5110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.942	6942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.742	5	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.618	22.794	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.095	15	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.753	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	700
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.3	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.5	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.412	0.5	564
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.21	0.3	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.5	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.367	2	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.008	3	4872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.42	2	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.03	3	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	173	-
R_work	0.277	3586	-
obs	-	7551	92.02 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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