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- PDB-3qbu: Crystal structure of putative peptidoglycan deactelyase (HP0310) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qbu
タイトルCrystal structure of putative peptidoglycan deactelyase (HP0310) from Helicobacter pylori
要素Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / metallo enzyme / peptidoglycan / TIM barrel / deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / xylan catabolic process / cell wall organization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan deacetylase PgdA-like / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5701 Å
データ登録者Shaik, M.M. / Cendron, L. / Percudani, R. / Zanotti, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: The Structure of Helicobacter pylori HP0310 Reveals an Atypical Peptidoglycan Deacetylase.
著者: Shaik, M.M. / Cendron, L. / Percudani, R. / Zanotti, G.
履歴
登録2011年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5298
ポリマ－150,2674
非ポリマー2624
水15,547863
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18530 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area37930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.560, 154.730, 158.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAPROPROchain A and (resseq 2:180 or resseq 182:291 )AA2 - 18035 - 213
12ILEILEARGARGchain A and (resseq 2:180 or resseq 182:291 )AA182 - 291215 - 324
21ALAALAPROPROchain B and (resseq 2:180 or resseq 182:291 )BB2 - 18035 - 213
22ILEILEARGARGchain B and (resseq 2:180 or resseq 182:291 )BB182 - 291215 - 324
31ALAALAPROPROchain C and (resseq 2:180 or resseq 182:291 )CC2 - 18035 - 213
32ILEILEARGARGchain C and (resseq 2:180 or resseq 182:291 )CC182 - 291215 - 324
41ALAALAPROPROchain D and (resseq 2:180 or resseq 182:291 )DD2 - 18035 - 213
42ILEILEARGARGchain D and (resseq 2:180 or resseq 182:291 )DD182 - 291215 - 324

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein


分子量: 37566.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: G27 / 遺伝子: hp0310, HPG27_289 / プラスミド: pET151-hp310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B5ZA76
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate, 0.1M Tri Sodium citrate pH 5.6, 15% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.196
反射解像度: 2.57→69.54 Å / Num. all: 59318 / Num. obs: 59318 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.57→2.71 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CL6

3cl6


解像度: 2.5701→69.54 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.47 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 3039 5.12 %Random
Rwork0.2042 ---
obs0.2056 59318 97.74 %-
all-59318 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.063 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.3481 Å2-0 Å20 Å2
2---13.7299 Å2-0 Å2
3---26.0779 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5701→69.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9428 0 4 863 10295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05513220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9153530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051692
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2349X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
12B2349X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
13C2349X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
14D2349X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5701-2.61450.44931610.38642707X-RAY DIFFRACTION91
2.6145-2.6620.39041650.34182782X-RAY DIFFRACTION92
2.662-2.71320.42251590.33142770X-RAY DIFFRACTION93
2.7132-2.76860.37621490.32212790X-RAY DIFFRACTION93
2.7686-2.82870.33841420.29292833X-RAY DIFFRACTION94
2.8287-2.89450.34591600.28142786X-RAY DIFFRACTION93
2.8945-2.96690.34851510.2762843X-RAY DIFFRACTION94
2.9669-3.04710.25361380.25342821X-RAY DIFFRACTION94
3.0471-3.13670.24811340.24292834X-RAY DIFFRACTION94
3.1367-3.2380.22931440.21862825X-RAY DIFFRACTION94
3.238-3.35360.22931570.20762813X-RAY DIFFRACTION93
3.3536-3.48790.21421560.19652810X-RAY DIFFRACTION93
3.4879-3.64650.1821400.18492848X-RAY DIFFRACTION93
3.6465-3.83870.20021660.16812757X-RAY DIFFRACTION92
3.8387-4.0790.1831610.15822813X-RAY DIFFRACTION92
4.079-4.39370.16241160.15162842X-RAY DIFFRACTION93
4.3937-4.83530.1531520.13182825X-RAY DIFFRACTION93
4.8353-5.53380.1831420.14872852X-RAY DIFFRACTION93
5.5338-6.96750.20741450.18942848X-RAY DIFFRACTION92
6.9675-43.67020.22261680.1722893X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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