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万見
- PDB-3ckz: N1 Neuraminidase H274Y + Zanamivir -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ckz
タイトルN1 Neuraminidase H274Y + Zanamivir
要素Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / HYDROLASE / N1 / Neuraminidase / H274Y / Zanamivir / Glycosidase / Membrane / Transmembrane / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ZANAMIVIR / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Colllins, P. / Haire, L.F. / Lin, Y.P. / Liu, J. / Russell, R.J. / Walker, P.A. / Skehel, J.J. / Martin, S.R. / Hay, A.J. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of oseltamivir-resistant influenza virus neuraminidase mutants.
著者: Collins, P.J. / Haire, L.F. / Lin, Y.P. / Liu, J. / Russell, R.J. / Walker, P.A. / Skehel, J.J. / Martin, S.R. / Hay, A.J. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2008年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _entity.src_method / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / struct_conn ...chem_comp / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ..._chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5823
ポリマ－42,2101
非ポリマー3722
水3,369187
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,32912
ポリマ－168,8404
非ポリマー1,4908
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area15520 Å2
ΔGint-91.1 kcal/mol
Surface area42340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.146, 115.146, 64.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-588-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 42209.941 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 63-447 / 変異: H274Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA
発現宿主: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株 (発現宿主): WSN-NA (H1N1) / 参照: UniProt: Q6DPL2, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-ZMR / ZANAMIVIR / MODIFIED SIALIC ACID / ザナミビル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 332.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O7 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 30055 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 61.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.34 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUE (A ASN 306 ) AND RESIDUE (A GLN 308 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 2.04. RESIDUE (A GLY 333 ) AND RESIDUE (A SER 335 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 1.85. RESIDUE ...詳細: RESIDUE (A ASN 306 ) AND RESIDUE (A GLN 308 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 2.04. RESIDUE (A GLY 333 ) AND RESIDUE (A SER 335 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 1.85. RESIDUE (A CYS 336 ) AND RESIDUE (A GLY 339 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 1.97. RESIDUE (A SER 342 ) AND RESIDUE (A SER 344 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 2.07. RESIDUE (A VAL 392 ) AND RESIDUE (A LYS 394 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 1.76. RESIDUE (A GLU 433 ) AND RESIDUE (A SER 435 ) ARE NOT LINKED. DISTANCE OF C-N BOND IS 1.87.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22807 1614 5.1 %RANDOM
Rwork0.20106 ---
obs0.20249 30055 91.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2964 0 24 187 3175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.9314174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9515378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0223.926135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.74415465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg161516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.21492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22090
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0720.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4621.51951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84323056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.38231331
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0514.51118
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 57 -
Rwork0.265 1279 -
obs--53.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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