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- PDB-3ckc: B. thetaiotaomicron SusD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ckc
タイトルB. thetaiotaomicron SusD
要素SusD
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / TPR repeat / carbohydrate binding / starch binding
機能・相同性
機能・相同性情報


starch metabolic process / starch catabolic process / starch binding / outer membrane / cell outer membrane / calcium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TPR-like / SusD-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / RagB/SusD domain / SusD family / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily ...TPR-like / SusD-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / RagB/SusD domain / SusD family / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Starch-binding protein SusD
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Martens, E.C. / Gordon, J.I. / Smith, T.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Starch catabolism by a prominent human gut symbiont is directed by the recognition of amylose helices.
著者: Koropatkin, N.M. / Martens, E.C. / Gordon, J.I. / Smith, T.J.
履歴
登録2008年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年3月6日Group: Data collection
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD
B: SusD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,83119
ポリマ－119,5992
非ポリマー1,23217
水22,0321223
1
A: SusD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3898
ポリマ－59,7991
非ポリマー5907
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SusD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,44211
ポリマ－59,7991
非ポリマー64310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.196, 68.056, 83.050
Angle α, β, γ (deg.)111.090, 93.170, 109.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SusD


分子量: 59799.340 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-551 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: SusD / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8A1G2

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非ポリマー , 5種, 1240分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE ORIGINAL SUSD GENE SEQUENCE DEPOSITED BY WASHINGTON UNIVERSITY (FROM JEFFREY I. GORDON'S ...THE ORIGINAL SUSD GENE SEQUENCE DEPOSITED BY WASHINGTON UNIVERSITY (FROM JEFFREY I. GORDON'S LABORATORY) IS INCORRECT. THE SAME LAB HAS SUBSEQUENTLY RE-SEQUENCED THE GENE AND CONFIRMED THAT LYS IS THE CORRECT AMINO ACID AT THIS POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: seeding in batch / pH: 6
詳細: 50mM MES, 50mM NaCl, 14% PEG 8000, pH 6.0, seeding in batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97167 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月30日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→50 Å / Num. all: 190539 / Num. obs: 190539 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 54
反射 シェル解像度: 1.47→1.52 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 19.7 / Num. unique all: 17881 / Rsym value: 0.084 / % possible all: 90

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
精密化解像度: 1.5→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 18043 9.6 %random
Rwork0.192 ---
all0.192 181457 --
obs0.192 181457 96.2 %-
溶媒の処理Bsol: 43.532 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 17.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.594 Å24.22 Å2-2.383 Å2
2--4.652 Å21.559 Å2
3----4.058 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8048 0 76 1223 9347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5832
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.2632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1742.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5eg.parameg.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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