PDB-3ck2: Crystal structure of conserved uncharacterized protein (predicted...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ck2

タイトル

Crystal structure of conserved uncharacterized protein (predicted phosphoesterase COG0622) from Streptococcus pneumoniae TIGR4

要素

Conserved uncharacterized protein (predicted phosphoesterase COG0622)

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / predicted phosphodiesterase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

retromer complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / retrograde transport, endosome to Golgi / protein transport / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Nocek, B. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of conserved uncharacterized protein (predicted phosphoesterase COG0622) from Streptococcus pneumoniae TIGR4.
著者: Nocek, B. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ck2.cif.gz	51 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ck2.ent.gz	40 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ck2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ck2_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ck2_full_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示
XML形式データ	3ck2_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	3ck2_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ck2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ck2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hwg-2 6t05-1 2rge-d 1hfs-d 7bta-1 4l8g-d 6sz3-1 1d1p-1 6ynm-1 4dlt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80634

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved uncharacterized protein (predicted phosphoesterase COG0622)

ヘテロ分子

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.467, 112.467, 112.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Conserved uncharacterized protein (predicted phosphoesterase COG0622) 分子量: 20292.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1879 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97NX4, UniProt: A0A0H2URP5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0M K/Na Tartrate, Tris-HCl pH 7.0, 0.1M Lithium sulfate, 2mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月11日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 11690 / Num. obs: 10635 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.1 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Χ²: 1.524 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 484 / Χ²: 1.103 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXD		位相決定
HKL2Map		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 9.201 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	507	4.8 %	RANDOM
R_work	0.148	-	-	-
all	0.173	10635	-	-
obs	0.15	10609	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.803 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1407	0	14	132	1553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.949	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.97	3	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.666	5	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.951	23.649	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.686	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.068	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.112	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.212	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.756	1.5	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.162	1.5	353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.991	2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.788	3	679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.473	4.5	570

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	55	-
R_work	0.189	698	-
all	-	753	-
obs	-	-	99.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	30.5766	9.0623	7.6131	6.0518	4.5047	3.3974	-2.048	1.4301	1.4116	-1.3668	1.8899	-0.2669	-1.2809	1.0589	0.1581	0.3073	-0.2266	0.0296	0.6382	0.1773	0.4304	24.3701	-3.3813	-22.0288
2	3.525	0.129	-1.0269	4.3997	-0.1571	4.9234	-0.0163	0.4362	-0.1613	-0.3939	-0.0662	-0.1837	0.3497	0.0506	0.0825	0.0582	0.0688	-0.011	0.0932	0.0231	0.0343	9.596	-19.216	-20.3404
3	6.7737	1.53	-2.542	5.6684	-2.0431	3.7492	-0.1218	0.0175	-0.0552	-0.1301	-0.1289	-0.1774	0.3291	0.3946	0.2507	-0.0006	0.0837	-0.0501	0.0805	0.0588	0.0249	12.4728	-18.9603	-14.8445
4	3.846	1.6162	-1.8106	4.901	-1.6632	2.5736	-0.0608	-0.0279	-0.2318	-0.3097	-0.1713	-0.4682	0.1612	0.4097	0.2321	0.0408	0.1286	-0.0323	0.1026	0.0561	0.0732	14.0116	-23.499	-11.9402
5	3.6485	2.2108	-0.6597	4.3139	-3.6029	3.5689	0.0556	-0.2118	-0.041	0.0789	-0.277	-0.2602	0.0377	0.151	0.2214	0.1548	0.0511	-0.0051	0.1738	0.0247	0.1105	12.321	-21.8939	-3.9937
6	3.6249	1.1299	-1.8733	3.9831	-1.7809	6.2913	-0.081	-0.2274	0.1998	0.3435	-0.2141	-0.6079	-0.2189	0.7068	0.2951	0.073	-0.0265	-0.1313	0.0539	0.0746	0.1215	15.8492	-10.3134	-5.6834
7	26.4466	8.1564	-5.1214	6.8555	-1.7039	8.3199	0.2235	-1.5144	1.177	0.6726	-0.312	0.0307	-1.0479	0.5294	0.0885	0.3079	-0.0913	-0.1142	0.0599	-0.0394	0.0589	11.6181	-3.9499	1.6439
8	2.2189	-0.6395	-1.8579	2.1682	-1.5454	3.7383	0.0634	-0.1979	0.442	0.4081	-0.1849	-0.1303	-0.2962	0.323	0.1215	0.1145	-0.0076	-0.08	0.1125	0.0361	0.0892	10.6588	-7.5744	-7.6153
9	22.1306	8.0521	24.5046	2.9297	8.9159	27.1334	-0.064	-1.5436	0.9348	1.6842	-0.9655	0.2119	-1.0305	-0.9696	1.0295	0.3752	-0.0185	-0.0293	0.2657	0.0062	0.3548	10.0348	1.5226	-8.8281
10	2.4456	0.4586	-0.0475	3.5062	-0.1167	5.1158	-0.0639	0.4418	0.5463	0.0846	0.017	0.0407	-0.3021	0.4641	0.0469	0.0354	0.0378	-0.0404	0.0724	0.0727	0.1166	7.4327	-7.9934	-11.9964
11	16.2388	-8.8361	-8.7541	6.8399	6.0753	7.0107	-0.1533	-0.6103	0.2661	0.4248	0.2689	0.379	0.1302	-0.19	-0.1156	0.0618	0.0221	0.0194	0.1368	0.0615	0.0791	-4.7682	-9.1891	-16.0884
12	9.336	2.6797	1.5913	3.582	1.331	2.3096	-0.1258	0.606	0.4646	-0.1914	0.0146	-0.2879	-0.1793	0.3462	0.1112	0.0376	-0.0105	-0.0145	0.1462	0.1437	0.1268	13.0458	-3.4648	-20.6266
13	1.696	2.1661	1.5736	22.3367	1.9759	1.5867	0.0659	0.2037	-0.12	-0.8986	-0.192	0.4796	-0.0054	0.1068	0.1262	0.0637	0.0305	-0.011	0.1855	0.0497	0.0655	2.7275	-9.9766	-26.2967
14	22.0308	3.0354	4.8459	2.7599	2.1899	2.9891	0.7257	-0.0706	0.6045	0.2662	-0.5869	-0.6738	-0.3752	0.3088	-0.1388	0.1176	-0.0756	-0.0476	0.0682	0.0565	0.1861	11.254	3.0067	-17.9051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 5	3 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	6 - 28	9 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	29 - 42	32 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	43 - 57	46 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	58 - 69	61 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	70 - 87	73 - 90
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	88 - 100	91 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	101 - 114	104 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	115 - 120	118 - 123
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	121 - 133	124 - 136
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	134 - 140	137 - 143
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	141 - 158	144 - 161
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	159 - 165	162 - 168
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	166 - 173	169 - 176

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

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