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Yorodumi- PDB-3ck2: Crystal structure of conserved uncharacterized protein (predicted... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ck2 | ||||||
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Title | Crystal structure of conserved uncharacterized protein (predicted phosphoesterase COG0622) from Streptococcus pneumoniae TIGR4 | ||||||
Components | Conserved uncharacterized protein (predicted phosphoesterase COG0622) | ||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / predicted phosphodiesterase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information retromer complex / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-diester hydrolases / retrograde transport, endosome to Golgi / protein transport / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of conserved uncharacterized protein (predicted phosphoesterase COG0622) from Streptococcus pneumoniae TIGR4. Authors: Nocek, B. / Zhou, M. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ck2.cif.gz | 51 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ck2.ent.gz | 40 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ck2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3ck2_validation.pdf.gz | 431.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3ck2_full_validation.pdf.gz | 431.7 KB | Display | |
Data in XML | 3ck2_validation.xml.gz | 10.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3ck2_validation.cif.gz | 14.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ck2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ck2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
-Components
#1: Protein | Mass: 20292.348 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: TIGR4 / Gene: SP_1879 / Plasmid: pMCSG7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q97NX4, UniProt: A0A0H2URP5*PLUS | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SRT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.0M K/Na Tartrate, Tris-HCl pH 7.0, 0.1M Lithium sulfate, 2mM MnCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 11, 2007 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→20 Å / Num. all: 11690 / Num. obs: 10635 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 1.524 / Net I/σ(I): 7.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.719 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 484 / Χ2: 1.103 / % possible all: 92.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.201 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.187 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.803 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→19.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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