PDB-3cje: Crystal structure of an osmc-like hydroperoxide resistance protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cje

タイトル

Crystal structure of an osmc-like hydroperoxide resistance protein (jann_2040) from jannaschia sp. ccs1 at 1.70 A resolution

要素

OsmC-like protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Jannaschia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of OsmC-like hydroperoxide resistance protein (YP_509982.1) from Jannaschia sp. CCS1 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cje.cif.gz	48.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cje.ent.gz	36.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cje_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cje_full_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示
XML形式データ	3cje_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	3cje_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3orp-d 1xvl-1 4otp-d 2xvy-d 2q9b-1 5u1i-d 4eqm-6 5efw-d 4eqm-4 4j8o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 371655

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OsmC-like protein

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OsmC-like protein

ヘテロ分子

A: OsmC-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.886, 81.886, 70.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-176- HOH

詳細

AUTHORS STATE THAT THE CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	OsmC-like protein 分子量: 18414.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Jannaschia sp. (バクテリア) / 株: CCS1 / 遺伝子: YP_509982.1, Jann_2040 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q28QQ5
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.57 詳細: NANODROP, 1.545M Ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M Tris-HCl pH 8.57, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.978835 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月10日
詳細: 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focusing

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978835 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→26.803 Å / Num. obs: 30482 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.728 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.74	7.6	0.812	0.9	16225	2149	0.812	100
1.74-1.79	10.8	0.668	1.1	23201	2156	0.668	100
1.79-1.84	10.8	0.526	1.4	22793	2108	0.526	100
1.84-1.9	10.8	0.401	1.8	22578	2095	0.401	100
1.9-1.96	10.8	0.289	2.5	21328	1980	0.289	100
1.96-2.03	10.8	0.215	3.5	20836	1936	0.215	100
2.03-2.11	10.8	0.178	4	20136	1869	0.178	100
2.11-2.19	10.7	0.149	4.8	19177	1787	0.149	100
2.19-2.29	10.7	0.137	4.8	18565	1739	0.137	100
2.29-2.4	10.7	0.118	5.9	17803	1667	0.118	100
2.4-2.53	10.6	0.108	6.3	16608	1566	0.108	100
2.53-2.69	10.5	0.094	7.2	15758	1494	0.094	100
2.69-2.87	10.5	0.085	7.8	14826	1406	0.085	100
2.87-3.1	10.3	0.076	8.7	13622	1319	0.076	100
3.1-3.4	10.1	0.066	9.8	12386	1232	0.066	100
3.4-3.8	9.2	0.061	10.2	10114	1096	0.061	99.9
3.8-4.39	10.5	0.066	9.4	10296	981	0.066	100
4.39-5.38	10.7	0.059	10.3	9037	843	0.059	100
5.38-7.6	10.3	0.066	9.5	6914	671	0.066	100
7.6-26.803	9.5	0.055	10.8	3672	388	0.055	98

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→26.803 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.334 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.063
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.164	1538	5.1 %	RANDOM
R_work	0.144	-	-	-
obs	0.145	30438	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.065 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0.25 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1145	0	53	138	1336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.59	1.997	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.039	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.518	24.906	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.489	15	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.965	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.264	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.235	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.186	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.658	3	875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.518	3	323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.236	5	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.832	8	533
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.068	11	456

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	111	-
R_work	0.221	2116	-
all	-	2227	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.0888 Å / Origin y: 67.2756 Å / Origin z: 6.8212 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0378 Å²	-0.0071 Å²	-0.0013 Å²	-	-0.0225 Å²	-0.0034 Å²	-	-	-0.0308 Å²
L	0.1806 °²	-0.0356 °²	-0.0352 °²	-	0.76 °²	0.2396 °²	-	-	0.4667 °²
S	0.0198 Å °	0.0029 Å °	0.018 Å °	-0.0235 Å °	-0.0083 Å °	-0.0524 Å °	-0.0065 Å °	-0.0092 Å °	-0.0115 Å °

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