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万見
- PDB-3cit: Crystal structure of the GAF domain of a putative sensor histidin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cit
タイトルCrystal structure of the GAF domain of a putative sensor histidine kinase from Pseudomonas syringae pv. tomato
要素Sensor histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / MEGA: 3.30.450.40 / structural genomics / sensor histidine kinase / Pseudomonas syringae / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay sensor kinase activity / protein dimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Sensor histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Li, H. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the GAF domain of a putative sensor histidine kinase from Pseudomonas syringae pv. tomato
著者: Cuff, M.E. / Li, H. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor histidine kinase
B: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,04415
ポリマ－34,9052
非ポリマー1,13913
水5,837324
1
A: Sensor histidine kinase
B: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子

A: Sensor histidine kinase
B: Sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,08830
ポリマ－69,8104
非ポリマー2,27826
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_764-x+2,-x+y+1,-z-1/31
Buried area8820 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.471, 107.471, 67.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-321-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS UNKNOWN

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sensor histidine kinase


分子量: 17452.578 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain: Residues 18-174 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
生物種: Pseudomonas syringae group genomosp. 3 / 株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO_2131 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q884G2

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非ポリマー , 5種, 337分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0, 1.5M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793, 0.9795
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97951
Reflection冗長度: 11 % / Av σ(I) over netI: 10.9 / 数: 393091 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.36 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 35808 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.685096.410.042.8310.7
3.724.6899.110.0392.0429.9
3.253.7299.710.0471.92311
2.953.2599.910.0591.66611.2
2.742.9599.810.071.39411.4
2.582.7499.410.0821.24111.3
2.452.5899.510.0951.20611.3
2.342.4599.510.1111.16511.1
2.252.3499.310.1271.11411.1
2.172.2599.510.1481.06511
2.112.1799.310.1751.00211
2.052.1199.610.210.97111
1.992.0599.210.260.97511
1.941.9999.510.3480.9310.9
1.91.9499.410.5070.91510.9
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 35808 / Num. obs: 35808 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.361 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2357 / Χ2: 0.915 / % possible all: 99.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.24 / FOM acentric: 0.26 / FOM centric: 0 / 反射: 35279 / Reflection acentric: 32644 / Reflection centric: 2635
Phasing MAD setR cullis acentric: 1.71 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 32644 / Reflection centric: 2635
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
12.01-501.60.20.18546
6.82-12.011.160.20.1520127
4.76-6.821.510.10.11331211
3.66-4.761.090.10.12468284
2.97-3.661.310.10.13980371
2.5-2.972.130.105762450
2.16-2.52.36007985536
1.9-2.162.850010513610
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se28.94595-0.119-0.5-0.0290
2Se23.00053-0.273-0.659-0.2740
3Se42.223180.002-0.5590.1720
4Se76.729910.102-0.579-0.0360
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.01-500.3330.51301318546
6.82-12.010.4520.5620647520127
4.76-6.820.4420.512015421331211
3.66-4.760.3850.429027522468284
2.97-3.660.3810.416043513980371
2.5-2.970.3010.324062125762450
2.16-2.50.1960.209085217985536
1.9-2.160.1080.11501112310513610
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 35279
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.82-10060.90.794514
6.23-7.82580.882513
5.33-6.2359.30.886630
4.73-5.3360.10.908707
4.3-4.7363.40.921768
3.97-4.363.80.906838
3.7-3.9759.10.908922
3.48-3.759.60.899979
3.3-3.4857.80.8991034
3.14-3.360.30.8851062
3.01-3.1460.10.8921145
2.89-3.0162.10.8621155
2.78-2.8961.60.8771240
2.68-2.7864.50.8741240
2.6-2.68610.8731298
2.52-2.664.90.8741320
2.45-2.5263.80.8651353
2.38-2.4564.20.8541434
2.32-2.3864.80.8681443
2.26-2.3265.20.861479
2.21-2.2665.60.8641514
2.16-2.2168.50.8571559
2.11-2.1671.40.8511568
2.07-2.1173.60.8551656
2.03-2.0775.30.8541666
1.99-2.0375.90.8461684
1.96-1.9975.50.8161695
1.9-1.9680.70.7212863

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→31.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.275 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.112
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1760 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.167 35273 --
obs0.167 35273 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20.38 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2310 0 68 324 2702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4242.0073379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96434173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2625319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.47123.271107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81615420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8611527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.21855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.21146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21395
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2210.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.30.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.241.51922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2531.5632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54122499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4913990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6384.5877
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 107 -
Rwork0.202 2438 -
all-2545 -
obs--97.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4867-0.19473.14297.1937-7.124210.32840.0218-0.32010.66060.45240.02590.2139-0.5667-0.1233-0.04780.0437-0.03980.0478-0.0167-0.04820.05780.748257.46050.5239
23.07860.6711-0.28130.9138-0.10550.85450.1708-0.1765-0.18330.1973-0.1002-0.05770.0463-0.0149-0.07060.0304-0.0573-0.0124-0.00430.0081-0.040872.835139.90021.6781
311.2961-5.50911.452312.00294.96423.6406-0.5966-1.5805-1.39991.45511.39230.41110.83150.1346-0.79570.28040.137-0.11070.21960.26390.171890.797928.146913.0755
448.5991-2.371712.209872.978214.94086.38050.01462.88692.9981-2.306-0.84410.451-1.06580.43590.82960.21330.0242-0.00090.19940.11050.196387.014769.8427-8.22
52.13050.4680.23161.19150.32611.49970.1253-0.0176-0.250.0818-0.0184-0.12720.21080.0812-0.10690.0630-0.0621-0.0299-0.00210.0094100.263346.9121-3.696
61.96710.83240.18612.00390.24610.24050.2019-0.2036-0.17020.1277-0.0726-0.0980.06420.0579-0.12940.0587-0.029-0.06470.02070.0136-0.0118101.346249.18282.9877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA16 - 392 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2AA40 - 15926 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3AA160 - 172146 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4BB16 - 202 - 6
5X-RAY DIFFRACTION5BB21 - 997 - 85
6X-RAY DIFFRACTION6BB100 - 16986 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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