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- PDB-3cii: Structure of NKG2A/CD94 bound to HLA-E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cii
タイトルStructure of NKG2A/CD94 bound to HLA-E
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen peptide
  • HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
  • NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein
  • Natural killer cells antigen CD94
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-type lectin-like / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted / Lectin / Receptor / Signal-anchor
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell mediated immunity / inhibitory MHC class Ib receptor activity / CD8-positive, gamma-delta intraepithelial T cell differentiation / MHC class Ib protein binding, via antigen binding groove / HLA-E specific inhibitory MHC class Ib receptor activity / natural killer cell inhibitory signaling pathway / peripheral B cell tolerance induction / positive regulation of tolerance induction / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway ...natural killer cell mediated immunity / inhibitory MHC class Ib receptor activity / CD8-positive, gamma-delta intraepithelial T cell differentiation / MHC class Ib protein binding, via antigen binding groove / HLA-E specific inhibitory MHC class Ib receptor activity / natural killer cell inhibitory signaling pathway / peripheral B cell tolerance induction / positive regulation of tolerance induction / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / MHC class I protein complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / regulation of natural killer cell activation / natural killer cell lectin-like receptor binding / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell activation / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / cis-Golgi network membrane / positive regulation of T cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / protein antigen binding / positive regulation of interleukin-13 production / negative regulation of G0 to G1 transition / negative regulation of immune response / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of regulatory T cell differentiation / filopodium membrane / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / positive regulation of interleukin-4 production / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / MHC class I protein binding / protein homotrimerization / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / Modulation by Mtb of host immune system
類似検索 - 分子機能
: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G / NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein / Beta-2-microglobulin / Natural killer cells antigen CD94
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.41 Å
データ登録者Strong, R.K. / Kaiser, B.K. / Pizarro, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural basis for NKG2A/CD94 recognition of HLA-E.
著者: Kaiser, B.K. / Pizarro, J.C. / Kerns, J. / Strong, R.K.
履歴
登録2008年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
E: Beta-2-microglobulin
F: HLA class I histocompatibility antigen peptide
G: Natural killer cells antigen CD94
H: NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein
I: Natural killer cells antigen CD94
J: NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,07310
ポリマ－145,07310
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen peptide
G: Natural killer cells antigen CD94
H: NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5375
ポリマ－72,5375
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
E: Beta-2-microglobulin
F: HLA class I histocompatibility antigen peptide
I: Natural killer cells antigen CD94
J: NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5375
ポリマ－72,5375
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)345.983, 345.983, 345.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21I
12A
22D
13A
23D
14B
24E
15C
25F
16H
26J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSILEILEGG59 - 1791 - 121
21CYSCYSILEILEII59 - 1791 - 121
12SERSERHISHISAA2 - 1811 - 180
22SERSERHISHISDD2 - 1811 - 180
13LEULEUTRPTRPAA182 - 274181 - 273
23LEULEUTRPTRPDD182 - 274181 - 273
14METMETMETMETBB0 - 991 - 100
24METMETMETMETEE0 - 991 - 100
15VALVALLEULEUCC1 - 91 - 9
25VALVALLEULEUFF1 - 91 - 9
16HISHISLYSLYSHH115 - 2323 - 120
26HISHISLYSLYSJJ115 - 2323 - 120

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E / MHC class I antigen E


分子量: 31640.803 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-E, HLA-6.2, HLAE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13747
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド HLA class I histocompatibility antigen peptide


分子量: 1048.321 Da / 分子数: 2 / 断片: peptide presented by HLA-E (UNP residues 3-11) / 由来タイプ: 合成
詳細: peptide is naturally found in humans and was chemically synthesized.
参照: UniProt: P17693
#4: タンパク質 Natural killer cells antigen CD94 / NK cell receptor / Killer cell lectin-like receptor subfamily D member 1 / KP43


分子量: 14213.664 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRD1, CD94 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q13241
#5: タンパク質 NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein / NKG2-A/B-activating NK receptor / NK cell receptor A / CD159a antigen


分子量: 13754.549 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRC1, NKG2A / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P26715

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.3-0.7% sucrose, 100 mM Tris (8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.41→70 Å / Num. obs: 22619 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 34.4 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 4.4→4.56 Å / 冗長度: 26.3 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique all: 2189 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KPR, 1B6E

1kpr

1b6e


解像度: 4.41→67.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.753 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.68 / SU B: 136.822 / SU ML: 0.792 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35529 1155 5.1 %RANDOM
Rwork0.32054 ---
all-22600 --
obs-21445 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.161 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.41→67.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10146 0 0 0 10146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02110444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0881.92414172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.843.00517202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20251226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60123.818550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.979151734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2921570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2050.27000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.24537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.25879
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0280.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.236
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0280.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0891.58012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0291.52487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.12629970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.16835161
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2514.54202
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1G581tight positional0.020.05
2A2551tight positional0.020.05
3A1253tight positional0.020.05
4B1434tight positional0.040.05
5C125tight positional0.010.05
6H1563tight positional0.030.05
1G581tight thermal0.020.5
2A2551tight thermal0.010.5
3A1253tight thermal0.010.5
4B1434tight thermal0.010.5
5C125tight thermal0.010.5
6H1563tight thermal0.010.5
LS精密化 シェル解像度: 4.405→4.52 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 72 -
Rwork0.277 1566 -
obs-1566 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.4742-1.19943.43446.7812-1.62511.45940.1579-0.2827-0.3217-0.4918-0.2525-0.79331.26320.97140.0946-0.59320.41330.3772-0.41860.5879-0.6541-138.1577158.0803-141.7246
213.34341.8019-4.31539.5762-2.13511.73860.3267-0.9107-0.93731.6567-0.69920.09921.2166-0.41910.37250.07870.32160.0843-0.15510.5574-0.4682-151.3496148.5411-109.2287
35.8509-0.00872.254911.42086.704111.2046-0.4976-0.0026-0.6319-0.1050.17541.15380.77570.510.3221-0.21490.11350.4664-0.88120.5326-0.372-167.9537135.312-135.9187
48.66042.0358-2.485916.4566-3.98882.0117-0.43231.4116-0.3129-1.93490.0244-0.6839-0.08220.85160.40791.3416-0.1812-0.0441-0.14540.1977-0.5832-157.7852149.317-167.8697
57.6895-1.21970.80510.76084.594820.1139-0.5536-0.99450.4660.90210.18270.1386-0.7230.93080.3709-0.52970.40090.104-0.52970.4828-0.6937-152.2144168.0255-120.8441
69.8842-0.18236.22631.8838-0.722619.1675-0.80640.9594-0.2522-1.5937-0.05831.0088-1.2056-0.8950.86470.45210.2953-0.3566-0.66610.24360.0021-175.1451154.0327-154.001
720.4251-4.9076-4.002713.445-3.593510.37250.2184-0.21980.4261-0.45830.35620.10660.02290.6765-0.5746-0.80930.16960.2034-0.72060.3029-0.9339-132.7216173.9532-163.9925
88.5701-0.7117-1.457317.2058-1.93959.04910.0722-0.45260.29150.4903-0.21610.2407-0.0513-0.20810.1439-0.30580.05320.5288-0.54720.2073-0.3119-182.6791132.2677-112.3409
99.5002-2.68253.689921.5069-6.304114.81650.1885-0.2165-0.1476-0.255-0.0812-0.2674-0.2207-0.8718-0.1073-0.74320.34560.271-0.6250.1135-0.4983-121.2097147.3754-161.5577
1019.2712-5.2344-6.627410.49584.44519.7950.23760.101-0.2965-0.09970.32860.5818-0.0552-0.5179-0.5662-0.1656-0.0064-0.0151-0.74330.5051-0.5243-162.2208112.5905-119.5548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A182 - 274
4X-RAY DIFFRACTION3D2 - 181
5X-RAY DIFFRACTION3F1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION4D182 - 274
7X-RAY DIFFRACTION5B0 - 99
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99
9X-RAY DIFFRACTION7G59 - 179
10X-RAY DIFFRACTION8I59 - 179
11X-RAY DIFFRACTION9H115 - 232
12X-RAY DIFFRACTION10J115 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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