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- PDB-3ci9: Crystal Structure of the human HSBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ci9
タイトルCrystal Structure of the human HSBP1
要素Heat shock factor-binding protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / triple helix / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular heat acclimation / axonal transport of mitochondrion / endodermal cell differentiation / HSF1-dependent transactivation / HSF1 activation / Attenuation phase / axon cytoplasm / transcription corepressor activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm ...cellular heat acclimation / axonal transport of mitochondrion / endodermal cell differentiation / HSF1-dependent transactivation / HSF1 activation / Attenuation phase / axon cytoplasm / transcription corepressor activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock factor binding 1 / Heat shock factor binding protein 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock factor-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, X. / Xu, L. / Liu, Y. / Zhu, G. / Zhang, X.C. / Li, X. / Rao, Z.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the hexamer of human heat shock factor binding protein 1
著者: Liu, X. / Xu, L. / Liu, Y. / Tong, X. / Zhu, G. / Zhang, X.C. / Li, X. / Rao, Z.
履歴
登録2008年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock factor-binding protein 1
B: Heat shock factor-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9642
ポリマ－10,9642
非ポリマー00
水39622
1
A: Heat shock factor-binding protein 1
B: Heat shock factor-binding protein 1

A: Heat shock factor-binding protein 1
B: Heat shock factor-binding protein 1

A: Heat shock factor-binding protein 1
B: Heat shock factor-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8936
ポリマ－32,8936
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area11940 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.226, 35.226, 233.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Heat shock factor-binding protein 1 / Nasopharyngeal carcinoma- associated antigen 13 / NPC-A-13


分子量: 5482.181 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-53 / 変異: M30I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSBP1 / プラスミド: pET-28a-c(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75506
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.7M Ammonium Sulfate,15%(v/v) Glycerol, 20mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンBSRF 3W1A20.9799, 0.9802, 0.9000
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年12月8日
MAR CCD 165 mm2CCD2005年1月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97991
30.98021
40.91
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.366
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 11912 / Num. obs: 10975 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 1.237 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.762.40.197180.88858.9
1.76-1.832.60.1829270.82779.7
1.83-1.9130.17211030.90693.4
1.91-2.023.20.11911790.91499.7
2.02-2.143.40.0811900.97299.9
2.14-2.313.30.05811971.208100
2.31-2.543.40.05212071.351100
2.54-2.913.30.04111821.643100
2.91-3.663.30.0311781.49899.4
3.66-503.50.02910941.69890.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.37 / 反射: 3201
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97996.74-8.36
13 wavelength20.98024.35-12.03
13 wavelength30.93.48-2.11
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.6060.3390.3331.089
2Se46.390.2320.6060.3130.644
3Se600.610.3220.2160.633
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.39-500.74148
5.92-9.390.64276
4.62-5.920.6344
3.92-4.620.56408
3.46-3.920.4458
3.13-3.460.27490
2.88-3.130.19550
2.68-2.880.11527
Phasing dmFOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0 / 反射: 3289 / Reflection acentric: 3289 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
7.4-30.1450.80.8142142
4.6-7.40.730.73444444
3.7-4.60.70.7559559
3.3-3.70.710.71545545
2.8-3.30.620.6210051005
2.6-2.80.450.45594594

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.05位相決定
RESOLVE2.05位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→25.53 Å / σ(F): 163
詳細: HEMIHEDRAL TWINNING OPERATOR (H,-H-K,-L). TWINNING FRACTION 0.366.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 910 9.1 %
Rwork0.195 --
all-10054 -
obs-9441 93.9 %
溶媒の処理Bsol: 75.437 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 41.147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.95 Å2-6.159 Å20 Å2
2---7.95 Å20 Å2
3---15.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数710 0 0 22 732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9182
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8922.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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