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- PDB-3ci1: Structure of the PduO-type ATP:co(I)rrinoid adenosyltransferase f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ci1
タイトルStructure of the PduO-type ATP:co(I)rrinoid adenosyltransferase from Lactobacillus reuteri complexed with four-coordinate cob(II)alamin and ATP
要素Cobalamin adenosyltransferase PduO-like protein
キーワードTRANSFERASE / adenosyltransferase / ATP binding / four-coordinate cob(II)alamin
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A; / Cobalamin adenosyltransferase-like / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / COBALAMIN / : / Corrinoid adenosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus reuteri (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Maurice, M.St. / Mera, P.E. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural characterization of a human-type corrinoid adenosyltransferase confirms that coenzyme B12 is synthesized through a four-coordinate intermediate.
著者: St Maurice, M. / Mera, P. / Park, K. / Brunold, T.C. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobalamin adenosyltransferase PduO-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2835
ポリマ－22,3821
非ポリマー1,9014
水2,684149
1
A: Cobalamin adenosyltransferase PduO-like protein
ヘテロ分子

A: Cobalamin adenosyltransferase PduO-like protein
ヘテロ分子

A: Cobalamin adenosyltransferase PduO-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,85015
ポリマ－67,1473
非ポリマー5,70312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area15270 Å2
ΔGint-58.9 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.814, 67.814, 111.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1047-

HOH

21A-1123-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cobalamin adenosyltransferase PduO-like protein


分子量: 22382.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus reuteri (バクテリア)
株: CRL1098 / 遺伝子: cobA / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50EJ2, corrinoid adenosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: ANOXIC, 13% PEG 8000, 0.1 M MES, 200 mM KCl, 33 ug/mL FMN reductase, 20 mM NADH, 2 mM FMN, 2 mM hydroxycobalamin, 3 mM MgCl2, 3 mM ATP, pH 6, vapor diffusion, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月25日 / 詳細: Montel
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 16892 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 2.82 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 731 4.9 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.157 14785 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.02 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.175 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1487 0 105 149 1741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0452.0312268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.6025190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85924.74478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28915255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.93159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2020.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1170.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0420.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6671.5942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08721520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.933712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7444.5746
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 49 -
Rwork0.175 1043 -
all-1092 -
obs--98.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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