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- PDB-3chv: CRYSTAL STRUCTURE OF a prokaryotic domain of unknown function (DU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3chv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a prokaryotic domain of unknown function (DUF849) member (SPOA0042) FROM SILICIBACTER POMEROYI DSS-3 AT 1.45 A RESOLUTION
要素Prokaryotic domain of unknown function (DUF849) with a TIM barrel fold
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / TIM BARREL FOLD / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine catabolic process to acetate / transferase activity
類似検索 - 分子機能
3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme / beta-keto acid cleavage enzyme / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of prokaryotic domain of unknown function (DUF849) with a TIM barrel fold (YP_164873.1) from Silicibacter pomeroyi DSS-3 at 1.45 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prokaryotic domain of unknown function (DUF849) with a TIM barrel fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5495
ポリマ－31,3471
非ポリマー2024
水6,612367
1
A: Prokaryotic domain of unknown function (DUF849) with a TIM barrel fold
ヘテロ分子

A: Prokaryotic domain of unknown function (DUF849) with a TIM barrel fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,09710
ポリマ－62,6942
非ポリマー4038
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-9.9 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.859, 69.601, 52.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-314-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Prokaryotic domain of unknown function (DUF849) with a TIM barrel fold


分子量: 31346.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
生物種: Silicibacter pomeroyiRuegeria pomeroyi / 株: DSS-3 / DSM 15171 / 遺伝子: YP_164873.1, SPOA0042 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LLI5, UniProt: Q6SJB6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: NANODROP, 20.0% PEG 3000, 0.2M Zinc acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97858, 0.97920
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月4日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.978581
30.97921
反射解像度: 1.45→29.696 Å / Num. obs: 43611 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 8.641 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.45-1.493.10.233.21004032360.23100
1.49-1.533.10.1913.9975531480.191100
1.53-1.573.10.1754.2940230210.175100
1.57-1.623.10.164.6915629350.16100
1.62-1.673.10.1474.9906328980.147100
1.67-1.733.10.1335.4859627410.133100
1.73-1.83.10.1235.8848127000.123100
1.8-1.873.20.1066.5816525880.106100
1.87-1.963.10.0937.3781724830.093100
1.96-2.053.20.0838746923650.083100
2.05-2.163.20.0778.6710322480.077100
2.16-2.293.20.0748.6678121420.074100
2.29-2.453.10.0738.7630620080.073100
2.45-2.653.20.0689.7590118590.068100
2.65-2.93.20.05911.2549317360.059100
2.9-3.243.20.05212.3493515500.052100
3.24-3.743.20.04514438513810.04599.7
3.74-4.593.20.04214.3372611650.04299.7
4.59-6.483.20.04613.328529010.04699.5
6.48-29.6963.10.04712.915515060.04798.1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0067精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→29.696 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 0.846 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.80 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ZINC IONS FROM CRYSTALLIZATION CONDITION HAVE BEEN MODELED IN THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.158 2193 5 %RANDOM
Rwork0.133 ---
obs0.134 43611 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20.03 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2092 0 4 367 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7621.9523192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.17733837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5565319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.10522.7100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05115366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2871524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41331516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3763603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26352458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7178810
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.36311734
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 138 -
Rwork0.158 3090 -
all-3228 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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