PDB-3cht: Crystal Structure of Di-iron AurF with partially bound Ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cht

タイトル

Crystal Structure of Di-iron AurF with partially bound Ligand

要素

p-Aminobenzoate N-Oxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Di-iron oxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-aminobenzoate N-oxygenase / oxidoreductase activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces thioluteus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, H. / Brunzelle, J.S. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: In vitro reconstitution and crystal structure of p-aminobenzoate N-oxygenase (AurF) involved in aureothin biosynthesis.
著者: Choi, Y.S. / Zhang, H. / Brunzelle, J.S. / Nair, S.K. / Zhao, H.

履歴

登録	2008年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cht.cif.gz	134.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cht.ent.gz	104.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cht_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cht_full_validation.pdf.gz	472.3 KB	表示
XML形式データ	3cht_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	3cht_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/3cht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/3cht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3chhC 3chiC 3chuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3chh-d 3chi-d 3chu-d 1ib4-d 5cer-1 5cec-d 2xpy-d 6ans-2 2xpz-d 1n4q-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: p-Aminobenzoate N-Oxygenase

B: p-Aminobenzoate N-Oxygenase

ヘテロ分子

76.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.143, 77.188, 140.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	p-Aminobenzoate N-Oxygenase 分子量: 38129.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces thioluteus (バクテリア) 遺伝子: aurF / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q70KH9
#2: 化合物	ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON 分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂O
#3: 化合物	ChemComp-4NB / 4-NITROBENZOIC ACID / PARA NITROBENZOIC ACID 分子量: 167.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 18-22% PEG 8000, 50 mM Tris-HCl, soaked in 5 mM pNBA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 42156 / Num. obs: 39867 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.5 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4065 / R_sym value: 0.423 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 8.574 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25608	2129	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20349	-	-	-
obs	0.20613	39867	96.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4792	0	18	230	5040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4904
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.193	1.967	6672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.113	5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.025	22.833	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.085	15	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.643	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.694	1.5	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.104	2	4858
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.73	3	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.786	4.5	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	161	-
R_work	0.237	2755	-
obs	-	-	92.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8569	0.6842	-0.5142	1.5247	0.1277	1.1404	0.0228	-0.2489	0.4531	0.1233	-0.0252	0.1642	-0.0824	-0.0297	0.0023	-0.1088	0.0297	-0.0138	-0.2088	-0.0032	-0.1698	6.4619	-0.3621	-4.4721
2	3.8092	-0.4869	-1.8551	1.0046	0.6268	3.3783	0.1912	0.7926	0.2297	-0.188	0.0288	-0.0957	-0.2529	-0.2125	-0.22	-0.0678	0.0144	0.0272	-0.0306	-0.012	-0.1308	18.1166	-11.2298	-33.2675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	24 - 330	24 - 330
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	24 - 330	24 - 330

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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