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- PDB-3cgy: Crystal Structure of Salmonella Sensor Kinase PhoQ catalytic doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cgy
タイトルCrystal Structure of Salmonella Sensor Kinase PhoQ catalytic domain in complex with radicicol
要素Virulence sensor histidine kinase phoQ
キーワードTRANSFERASE / Alpha-Beta Sandwich / Bergerat Fold / ATP-binding / Growth regulation / Inner membrane / Kinase / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane / Two-component regulatory system / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / regulation of growth / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / membrane => GO:0016020 / phosphorelay signal transduction system / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PhoQ Sensor / PhoQ Sensor superfamily / PhoQ Sensor / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain ...PhoQ Sensor / PhoQ Sensor superfamily / PhoQ Sensor / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RADICICOL / Virulence sensor histidine kinase PhoQ / Virulence sensor histidine kinase PhoQ
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guarnieri, M.T. / Zhang, L. / Shen, J. / Zhao, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Hsp90 inhibitor radicicol interacts with the ATP-binding pocket of bacterial sensor kinase PhoQ.
著者: Guarnieri, M.T. / Zhang, L. / Shen, J. / Zhao, R.
履歴
登録2008年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virulence sensor histidine kinase phoQ
B: Virulence sensor histidine kinase phoQ
C: Virulence sensor histidine kinase phoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1826
ポリマ－52,0883
非ポリマー1,0943
水00
1
A: Virulence sensor histidine kinase phoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7272
ポリマ－17,3631
非ポリマー3651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Virulence sensor histidine kinase phoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7272
ポリマ－17,3631
非ポリマー3651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Virulence sensor histidine kinase phoQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7272
ポリマ－17,3631
非ポリマー3651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.923, 63.759, 87.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Virulence sensor histidine kinase phoQ


分子量: 17362.570 Da / 分子数: 3 / 断片: Catalytic Domain, UNP residues 332-487 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: phoQ / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90
参照: UniProt: P14147, UniProt: P0DM80*PLUS, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-RDC / RADICICOL / MONORDEN / ラジシコ-ル


分子量: 364.777 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17ClO6

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 27.5% PEG 4000, 0.1M MOPS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.01 Å / Num. all: 12900 / Num. obs: 12655 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1214 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
d*TREKデータ削減
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 1id0

1id0


解像度: 2.6→30 Å / FOM work R set: 0.708 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1297 -random
Rwork0.246 ---
all-12888 --
obs-12483 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.495 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2918 0 75 0 2993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.010457
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.64408
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.64 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.39 36
Rwork0.401 -
obs-457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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