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万見
- PDB-3cgu: Crystal Structure of unliganded Argos -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cgu
タイトルCrystal Structure of unliganded Argos
要素Protein giant-lens
キーワードHORMONE/SIGNALING PROTEIN / Argos / Spitz / EGF / EGFR inhibitor / Developmental protein / Glycoprotein / Secreted / Sensory transduction / Vision / HORMONE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oenocyte delamination / eye-antennal disc morphogenesis / haltere development / ommatidial rotation / genital disc development / wing disc morphogenesis / imaginal disc-derived wing vein specification / imaginal disc-derived wing morphogenesis / receptor antagonist activity / dorsal/ventral axis specification ...oenocyte delamination / eye-antennal disc morphogenesis / haltere development / ommatidial rotation / genital disc development / wing disc morphogenesis / imaginal disc-derived wing vein specification / imaginal disc-derived wing morphogenesis / receptor antagonist activity / dorsal/ventral axis specification / eye development / negative regulation of stem cell differentiation / anterior/posterior axis specification / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / visual perception / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Anthopleurin-A - #150 / Anthopleurin-A - #160 / Antagonist of EGFR signalling, Argos / Antagonist of EGFR signalling, Argos / Anthopleurin-A / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein giant-lens
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Klein, D.E. / Stayrook, S.E. / Lemmon, M.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for EGFR ligand sequestration by Argos.
著者: Klein, D.E. / Stayrook, S.E. / Shi, F. / Narayan, K. / Lemmon, M.A.
履歴
登録2008年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein giant-lens
B: Protein giant-lens


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2382
ポリマ－51,2382
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-13.8 kcal/mol
Surface area22190 Å2
手法PISA
2
A: Protein giant-lens

B: Protein giant-lens


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2382
ポリマ－51,2382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-8.4 kcal/mol
Surface area23090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.583, 64.246, 72.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-426-

HOH

21A-442-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein giant-lens / Protein argos / Protein strawberry


分子量: 25619.135 Da / 分子数: 2
断片: Fusion protein of UNP residues 113-164 and UNP residues 285-444
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: argos, Aos, gil, sty / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00805
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 291 K / pH: 4.5
詳細: 10-20% PEG3350, 0.1M NaAcetate pH 4.5, 0.2M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 4.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9202
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月9日 / 詳細: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111)
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 15720 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 60.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.51→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C9A

3c9a


解像度: 2.51→35.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 26.491 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.872 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 844 5.1 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.258 15720 93.9 %-
all-16750 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→35.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3293 0 0 127 3420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0291.9534603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3425410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.823.049164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.59115574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3651533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2750.21284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.22267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3140.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3320.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.90422100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60533374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.80821410
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.24731229
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 69 -
Rwork0.342 971 -
obs--80.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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