PDB-3cgl: Crystal Structure and Raman Studies of dsFP483, a Cyan Fluorescen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cgl

タイトル

Crystal Structure and Raman Studies of dsFP483, a Cyan Fluorescent Protein from Discosoma striata

要素

GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / beta barrel / Chromophore / Luminescence / Photoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Discosoma striata (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Malo, G.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure and Raman studies of dsFP483, a cyan fluorescent protein from Discosoma striata.
著者: Malo, G.D. / Wang, M. / Wu, D. / Stelling, A.L. / Tonge, P.J. / Wachter, R.M.

履歴

登録	2008年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2023年12月27日	Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 2.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cgl.cif.gz	250.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cgl.ent.gz	198.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cgl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cgl_validation.pdf.gz	492.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cgl_full_validation.pdf.gz	523.1 KB	表示
XML形式データ	3cgl_validation.xml.gz	51.2 KB	表示
CIF形式データ	3cgl_validation.cif.gz	71 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/3cgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/3cgl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1g7kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2h8q-1 1mov-1 3vic-2 2gx0-d 6nqv-1 1g7k-d 6nqp-2 4izn-2 1zux-d 2z6x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

B: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

C: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

D: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

E: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

F: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

ヘテロ分子

167 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

B: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

C: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

D: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

F: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

E: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

F: GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.202, 78.269, 188.566
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	GFP-like fluorescent chromoprotein dsFP483 分子量: 27771.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma striata (イソギンチャク) プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: Q9U6Y7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 100 mM HEPES pH 7.9, 300 mM NaCl, 200 mM calcium acetate, 16% v/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→40 Å / Num. obs: 90778 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 16.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 6452 / R_sym value: 0.359 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB code 1G7K

1g7k

解像度: 2.09→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 7.352 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21668	4569	5 %	RANDOM
R_work	0.18476	-	-	-
all	0.18634	-	-	-
obs	-	86207	94.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.039 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.89 Å²	0 Å²	-0.62 Å²
2-	-	2.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.71 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.166 Å	0.193 Å
Luzzati sigma a	-	0.108 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9060	0	2	567	9629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	9396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.946	12751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.475	5	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.314	23.806	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.791	15	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.651	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	6206
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.231	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.276	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.514	1.5	5692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.989	2	9120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.661	3	4101
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.548	4.5	3631

LS精密化シェル

解像度: 2.092→2.146 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	247	-
R_work	0.198	4259	-
obs	-	4259	64.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0284	0.7422	0.4345	1.7776	0.2637	1.7584	-0.1409	0.2167	-0.0128	-0.0859	0.1699	0.0824	0.1063	-0.0558	-0.0291	-0.2285	-0.0857	0.0039	-0.2851	0.03	-0.2199	8.1909	1.3469	76.6572
2	2.4021	0.6062	-0.2916	1.3039	0.0805	2.6036	-0.4333	0.8505	-0.1145	-0.4013	0.4513	0.0265	0.142	-0.0954	-0.018	0.0273	-0.4305	-0.0101	0.2659	0.0045	-0.2019	13.0959	3.148	46.9593
3	2.692	1.2512	0.3036	1.7388	0.3327	1.8018	-0.2388	0.2042	0.3141	-0.0742	0.1625	0.1401	-0.1951	0.0437	0.0762	-0.2213	-0.0682	-0.0202	-0.3215	0.0373	-0.1663	28.1936	25.1906	80.4238
4	2.1205	0.73	0.4406	1.3536	0.3259	2.227	-0.4804	0.8043	0.1203	-0.3519	0.4301	-0.0564	-0.1649	0.4048	0.0503	-0.0223	-0.4237	0.0206	0.2681	0.0398	-0.1632	37.2578	21.5438	52.0177
5	3.7461	0.2685	2.1586	2.3572	-0.2861	8.4972	0.3337	-0.5353	0.2312	0.3935	-0.5888	0.017	-0.6268	-0.3118	0.2551	0.2635	-0.2918	-0.0027	0.6416	-0.0096	-0.1448	2.3729	16.2192	15.1725
6	6.6629	4.0426	2.5396	13.9125	-7.6264	18.22	0.1525	-0.2065	1.2579	-0.0173	-0.5354	-0.4037	-0.5766	-0.0646	0.3829	0.5377	-0.1427	-0.0029	0.4814	-0.0262	0.5033	12.5761	36.0491	10.4016

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 226	12 - 235
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	7 - 226	18 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	6 - 228	17 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	7 - 228	18 - 237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	7 - 226	18 - 235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	20 - 178	31 - 187

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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