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万見
- PDB-3cgd: Pyridine Nucleotide Complexes with Bacillus anthracis Coenzyme A-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cgd
タイトルPyridine Nucleotide Complexes with Bacillus anthracis Coenzyme A-Disulfide Reductase: A Structural Analysis of Dual NAD(P)H Specificity
要素Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I
キーワードOXIDOREDUCTASE / coenzyme A / flavin adenine dinucleotide / nicotinamide adenine dinucleotide / FAD / Flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...: / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. (炭疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wallen, J.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Pyridine Nucleotide Complexes with Bacillus anthracis Coenzyme A-Disulfide Reductase: A Structural Analysis of Dual NAD(P)H Specificity.
著者: Wallen, J.R. / Paige, C. / Mallett, T.C. / Karplus, P.A. / Claiborne, A.
履歴
登録2008年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I
B: Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5898
ポリマ－107,1562
非ポリマー4,4336
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13590 Å2
ΔGint-49.1 kcal/mol
Surface area32690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.612, 81.171, 98.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I


分子量: 53577.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 生物種: Bacillus anthracis / 株: Ames
遺伝子: pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I
プラスミド: pTrcHisC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q81TK8, UniProt: A0A6L7HMK7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16-26% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, and 2 mM NAD(P)+. Crystal soaked in NADH prior to data collection., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月7日 / 詳細: Confocal Blue Max-Flux
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→38.14 Å / Num. all: 61451 / Num. obs: 59708 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 6088 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CGC

3cgc


解像度: 2.25→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 11.45 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24782 3006 5.1 %RANDOM
Rwork0.20589 ---
obs0.20798 56006 96.03 %-
all-58321 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.844 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20.08 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6958 0 290 460 7708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2632.01110084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50324.769325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35151299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6321540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.23463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.25064
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4451.54535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77427116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.27333428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0994.52963
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 239 -
Rwork0.24 4070 -
obs-4070 95.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60630.13460.05380.6109-0.31423.2131-0.05840.12160.0699-0.11520.11910.11520.059-0.9451-0.0607-0.1177-0.0381-0.04340.27980.0414-0.161550.7141.51727.147
20.6555-0.0934-0.12830.7032-0.38533.3839-0.0464-0.1086-0.01670.11470.11110.1048-0.0301-0.9358-0.0648-0.1280.0247-0.00830.26930.0224-0.175150.74840.7267.965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 44437 - 480
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 44437 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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