- PDB-3cg4: Crystal structure of response regulator receiver domain protein (... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3cg4
タイトル
Crystal structure of response regulator receiver domain protein (CheY-like) from Methanospirillum hungatei JF-1
要素
Response regulator receiver domain protein (CheY-like)
キーワード
STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / UNCHARACTERIZED PROTEIN / SIGNAL REGULATOR RECEIVER DOMAIN / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報
phosphorelay signal transduction system / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.61→20.63 Å / Num. obs: 17659 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 20.433 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度: 1.61→1.69 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.3
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
REFMAC
5.3.0034
精密化
MAR345
CCD
データ収集
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
SHELXCD
位相決定
SHELXE
モデル構築
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.61→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.98 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.22596
555
3.2 %
RANDOM
Rwork
0.20136
-
-
-
obs
0.20213
16936
99.19 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK