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- PDB-3cf4: Structure of the CODH component of the M. barkeri ACDS complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cf4
タイトルStructure of the CODH component of the M. barkeri ACDS complex
要素(Acetyl-CoA decarboxylase/synthase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Methanomicrobia / Iron-nikel-sulfur / 4Fe-Ni-4S
機能・相同性
機能・相同性情報


methanogenesis, from acetate / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / CARBON MONOXIDE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha 1 / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit epsilon 1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina barkeri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gong, W. / Hao, B. / Wei, Z. / Ferguson Jr., D.J. / Tallant, T. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structure of the alpha2 epsilon2 Ni-dependent CO dehydrogenase component of the Methanosarcina barkeri acetyl-CoA decarboxylase/synthase complex
著者: Gong, W. / Hao, B. / Wei, Z. / Ferguson Jr., D.J. / Tallant, T. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K.
履歴
登録2008年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年3月7日Group: Atomic model
改定 1.32017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase alpha subunit
G: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase epsilon subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,01924
ポリマ－107,1312
非ポリマー2,88822
水9,764542
1
A: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase alpha subunit
G: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase epsilon subunit
ヘテロ分子

A: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase alpha subunit
G: Acetyl-CoA decarboxylase/synthase epsilon subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,03948
ポリマ－214,2634
非ポリマー5,77644
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area23590 Å2
ΔGint-335 kcal/mol
Surface area54720 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area31680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.291, 81.681, 101.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1015-

HOH

21A-1224-

HOH

31G-268-

HOH

41G-276-

HOH

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要素

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Acetyl-CoA decarboxylase/synthase ... , 2種, 2分子 AG

#1: タンパク質 Acetyl-CoA decarboxylase/synthase alpha subunit


分子量: 88663.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: gene CdhA / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri (古細菌) / 株: MS (DSM800) / キーワード: methanogenesis
参照: UniProt: Q46G04*PLUS, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質 Acetyl-CoA decarboxylase/synthase epsilon subunit


分子量: 18468.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: gene CdhB / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri (古細菌) / 株: MS (DSM800)
参照: UniProt: Q46G05*PLUS, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)

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非ポリマー , 8種, 564分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-WCC / FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER CUBANE


分子量: 354.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3NiS4
#6: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#7: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細(FE4/S4) CLUSTER SF4 809 ALONG THE CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS, IT IS REFINED AS A FE2/S2 CLUSTER ...(FE4/S4) CLUSTER SF4 809 ALONG THE CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS, IT IS REFINED AS A FE2/S2 CLUSTER (HALF A FE4S4 CLUSTER). EACH HETERO DIMER (MOLECULE A AND G) CONTAINS A FE2/S2 CLUSTER, BUT THE TETRAMER (A2G2, THE PHYSIOLOGICAL FORM) CONTAINS A FE4/S4 CLUSTER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 25% PEG 4K, and 0.1M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1123.151
2123.151
3123.151
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A11.7413, 1.7398, 1.5498
シンクロトロンNSLS X4A21.736, 1.550
シンクロトロンSSRL BL9-231.9070, 1.7420, 1.6980
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD1999年10月15日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2000年2月5日mirrors
ADSC QUANTUM 43CCD2000年6月10日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITEMADMx-ray1
2GRAPHITEMADMx-ray1
3GRAPHITEMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.74131
21.73981
31.54981
41.7361
51.551
61.9071
71.7421
81.6981
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 75141 / Num. obs: 73338 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2→2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / FOM work R set: 0.85 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 3697 4.9 %random
Rwork0.209 ---
all-73338 --
obs-73279 97.5 %-
溶媒の処理Bsol: 69.219 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 20.217 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.525 Å20 Å20 Å2
2---5.545 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7153 0 108 542 7803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2592.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 438 -
Rwork0.256 --
obs-8652 98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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