PDB-3cex: Crystal structure of the conserved protein of locus EF_3021 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cex

タイトル

Crystal structure of the conserved protein of locus EF_3021 from Enterococcus faecalis

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Enterococcus faecalis / EF_3021 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Protein of unknown function DUF664 / Protein of unknown function (DUF664) / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / ACETIC ACID / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the conserved protein of locus EF_3021 from Enterococcus faecalis.
著者: Cuff, M.E. / Wu, R. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cex.cif.gz	82.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cex.ent.gz	65.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cex_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cex_full_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示
XML形式データ	3cex_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	3cex_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3cex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3cex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5k4b-1 4dqn-d 2plm-d 5k4c-d 6vhu-1 2h6s-d 4r3p-d 5cap-d 1k4h-d 1pxg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC29599

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

39.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.191, 55.137, 62.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.200, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 19788.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF_3021 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q82ZN0
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1M Trisodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月3日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35.9 Å / Num. all: 23947 / Num. obs: 23947 / % possible obs: 98.91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1506 / % possible all: 89.32

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.01 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.168 / FOM acentric: 0.177 / FOM centric: 0 / 反射: 23729 / Reflection acentric: 22468 / Reflection centric: 1261

Phasing MAD set

R cullis acentric: 1.62 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2.01 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 22468 / Reflection centric: 1261

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.55-50	1.74	0.3	0.1	77	28
7.17-12.55	1.47	0.3	0.2	382	58
5.02-7.17	2.19	0.3	0.1	925	102
3.86-5.02	1.18	0.2	0.1	1719	142
3.14-3.86	1.2	0.1	0.1	2748	177
2.64-3.14	1.73	0	0	4003	215
2.28-2.64	5.12	0	0	5512	254
2.01-2.28	2.06	0	0	7102	285

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z
1	Se	63.34233	-0.11	-0.804	-0.024
2	Se	59.75295	-0.556	-0.623	-0.324
3	Se	74.54069	-0.612	-0.279	-0.512
4	Se	85.73228	-0.091	-1.153	0.158
5	Se	74.23188	-0.58	-0.857	-0.473
6	Se	85.10638	-0.089	-1.386	0.015
7	Se	51.7496	-0.356	-0.828	-0.278
8	Se	47.3514	-0.321	-0.703	-0.324
9	Se	50.79056	0.107	-1.353	0.231
10	Se	63.15479	0.149	-1.228	0.191

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.55-50	0.305	0.416	105	77	28
7.17-12.55	0.387	0.445	440	382	58
5.02-7.17	0.423	0.47	1027	925	102
3.86-5.02	0.315	0.341	1861	1719	142
3.14-3.86	0.267	0.285	2925	2748	177
2.64-3.14	0.217	0.228	4218	4003	215
2.28-2.64	0.118	0.124	5766	5512	254
2.01-2.28	0.051	0.053	7387	7102	285

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 23729

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.39-100	70.6	0.599	504
5.85-7.39	65.2	0.81	501
5.09-5.85	66.8	0.833	515
4.61-5.09	62.5	0.861	507
4.24-4.61	59.9	0.836	561
3.96-4.24	64.5	0.84	605
3.72-3.96	63.8	0.831	653
3.52-3.72	63.5	0.812	690
3.35-3.52	63.3	0.802	723
3.2-3.35	66	0.794	749
3.07-3.2	62.6	0.796	775
2.96-3.07	64.8	0.795	813
2.85-2.96	64.4	0.786	846
2.76-2.85	64.5	0.82	852
2.68-2.76	70.7	0.786	921
2.6-2.68	68.4	0.824	911
2.53-2.6	71.1	0.81	953
2.46-2.53	69.2	0.793	1006
2.4-2.46	71.6	0.758	988
2.34-2.4	75	0.79	1055
2.29-2.34	74	0.799	1026
2.24-2.29	74.7	0.797	1084
2.2-2.24	77.7	0.764	1098
2.15-2.2	80.3	0.743	1114
2.11-2.15	81.5	0.77	1137
2.07-2.11	83.7	0.743	1152
2.01-2.07	84	0.687	1990

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
DENZO		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→35.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 7.472 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.151
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	1222	5.1 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
all	0.164	22725	-	-
obs	0.164	22725	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	1.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2722	0	20	188	2930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.946	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.956	3	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.881	5	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.654	24.885	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.583	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.463	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.341	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.219	1.5	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.232	1.5	674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.436	2	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.457	3	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.679	4.5	1061

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	89	-
R_work	0.184	1508	-
all	-	1597	-
obs	-	-	89.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2189	0.215	0.3692	1.431	0.6392	1.5569	-0.0947	-0.4012	0.0295	0.0968	0.0103	0.0493	0.0784	-0.114	0.0844	-0.0988	0.0304	0.002	-0.0246	0.0028	-0.0983	23.3401	4.6227	11.288
2	1.6251	-0.4161	-0.2392	1.9756	-1.0988	2.5083	0.0767	0.2374	0.2288	0.0207	-0.1196	-0.1028	-0.2955	0.149	0.0429	-0.082	-0.0114	0.0022	-0.0212	0.0296	-0.0963	-3.8103	30.6479	19.1918

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 169	3 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 169	3 - 172

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)