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万見
- PDB-3cev: ARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, COMPLEXED WITH L-ARGININE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cev
タイトルARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, COMPLEXED WITH L-ARGININE
要素PROTEIN (ARGINASE)
キーワードHYDROLASE / ENZYME / ARGININE HYDROLYSIS / NITROGEN METABOLISM / MANGANESE METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / manganese ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / : / Arginase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldovelox (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bewley, M.C. / Jeffrey, P.D. / Patchett, M.L. / Kanyo, Z.F. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of Bacillus caldovelox arginase in complex with substrate and inhibitors reveal new insights into activation, inhibition and catalysis in the arginase superfamily.
著者: Bewley, M.C. / Jeffrey, P.D. / Patchett, M.L. / Kanyo, Z.F. / Baker, E.N.
履歴
登録1999年3月15日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ARGINASE)
B: PROTEIN (ARGINASE)
C: PROTEIN (ARGINASE)
D: PROTEIN (ARGINASE)
E: PROTEIN (ARGINASE)
F: PROTEIN (ARGINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,29024
ポリマ－194,8576
非ポリマー2,43218
水11,476637
1
A: PROTEIN (ARGINASE)
B: PROTEIN (ARGINASE)
C: PROTEIN (ARGINASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (ARGINASE)
B: PROTEIN (ARGINASE)
C: PROTEIN (ARGINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,29024
ポリマ－194,8576
非ポリマー2,43218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11610 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area59230 Å2
手法PISA, PQS
2
D: PROTEIN (ARGINASE)
E: PROTEIN (ARGINASE)
F: PROTEIN (ARGINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,64512
ポリマ－97,4293
非ポリマー1,2169
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11630 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area59240 Å2
手法PISA
3
D: PROTEIN (ARGINASE)
E: PROTEIN (ARGINASE)
F: PROTEIN (ARGINASE)
ヘテロ分子

D: PROTEIN (ARGINASE)
E: PROTEIN (ARGINASE)
F: PROTEIN (ARGINASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,29024
ポリマ－194,8576
非ポリマー2,43218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.800, 277.700, 140.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (ARGINASE)


分子量: 32476.248 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: STRUCTURE CONTAINS TWO ARGININE LIGANDS BOUND TO EACH MOLECULE. ONE (LABELLED R 407 - R 412) IS BOUND IN THE ACTIVE SITE, COORDINATED TO THE SINGLE MN. THE OTHER (LABELLED R 401 - R 406) IS ...詳細: STRUCTURE CONTAINS TWO ARGININE LIGANDS BOUND TO EACH MOLECULE. ONE (LABELLED R 407 - R 412) IS BOUND IN THE ACTIVE SITE, COORDINATED TO THE SINGLE MN. THE OTHER (LABELLED R 401 - R 406) IS AT AN EXTERNAL SITE, BETWEEN SUBUNITS. EACH MOLECULE HAS JUST A SINGLE MN ION AT THE ACTIVE SITE (MNA) INSTEAD OF THE USUAL TWO. THE SECOND WAS REMOVED BY TREATMENT WITH EDTA.
由来: (組換発現) Bacillus caldovelox (バクテリア)
株: BACILLUS SPECIES DSM 411 / 解説: BACILLUS SPECIES DSM 411 / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53608, arginase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細TWO ARGININE LIGANDS ARE BOUND TO EACH MOLECULE, ONE AT THE ACTIVE SITE, THE OTHER AT AN ...TWO ARGININE LIGANDS ARE BOUND TO EACH MOLECULE, ONE AT THE ACTIVE SITE, THE OTHER AT AN INTERMOLECULAR SITE. THOSE AT THE ACTIVE SITE ARE NUMBERED 407-412 WHEREAS THOSE AT THE INTERMOLECULAR SITES ARE NUMBERED 401-406. STRUCTURE CONTAINS TWO ARGININE LIGANDS BOUND TO EACH MOLECULE. ONE (LABELLED R 407 - R 412) IS BOUND IN THE ACTIVE SITE, COORDINATED TO THE SINGLE MN. THE OTHER (LABELLED R 401 - R 406) IS AT AN EXTERNAL SITE, BETWEEN SUBUNITS. EACH MOLECULE HAS JUST A SINGLE MN ION AT THE ACTIVE SITE (MNA) INSTEAD OF THE USUAL TWO. THE SECOND WAS REMOVED BY TREATMENT WITH EDTA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MIXING 2 UL PROTEIN WITH 2 UL RESERVOIR SOLUTION PROTEIN SOLUTION 27 MG/ML PROTEIN, 10 MM MOPS,PH 7.5 RESERVOIR SOLUTION 28% MONOMETHYLPEG 2000, 10 MM EDTA, 10 MM GUANIDINE HYDROCHLORIDE, IN ...詳細: MIXING 2 UL PROTEIN WITH 2 UL RESERVOIR SOLUTION PROTEIN SOLUTION 27 MG/ML PROTEIN, 10 MM MOPS,PH 7.5 RESERVOIR SOLUTION 28% MONOMETHYLPEG 2000, 10 MM EDTA, 10 MM GUANIDINE HYDROCHLORIDE, IN 0.05 M BISTRISPROPANE/HCL, PH 8. THE CRYSTALS WERE THEN SOAKED IN 42.5% MMPEG 2000, 10 MM GUANIDINE HYDROCHLORIDE, 10 MM L-ARGININE, 10 MM EDTA, 0.05M BISTRISPROPANE/HCL, PH 8.5 FOR 8 HOURS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
128 %mmPEG20001reservoir
210 mMguanidine hydrochloride1reservoir
310 mMEDTA1reservoir
450 mMBTP/HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 73511 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 2.75 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 52.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 201956
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 52.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: REFINED MODEL FOR THE PH 8.5 NATIVE STRUCTURE: 2CEV

2cev


解像度: 2.4→8 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 -5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs-68674 89.5 %-
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13608 0 150 637 14395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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