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- PDB-3ceq: The TPR domain of Human Kinesin Light Chain 2 (hKLC2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ceq
タイトルThe TPR domain of Human Kinesin Light Chain 2 (hKLC2)
要素Kinesin light chain 2
キーワードMOTOR PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / HELIX TURN HELIX / Structural Genomics Consortium / SGC / Microtubule / Phosphoprotein / TPR repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


kinesin I complex / lysosome localization / Kinesins / RHO GTPases activate KTN1 / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule-based movement / kinesin binding / MHC class II antigen presentation / microtubule ...kinesin I complex / lysosome localization / Kinesins / RHO GTPases activate KTN1 / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / kinesin complex / microtubule-based movement / kinesin binding / MHC class II antigen presentation / microtubule / cadherin binding / lysosomal membrane / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin light chain / Kinesin light chain repeat / Kinesin light chain repeat. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat ...Kinesin light chain / Kinesin light chain repeat / Kinesin light chain repeat. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin light chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhu, H. / Shen, Y. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The TPR domain of Human Kinesin Light Chain 2 (hKLC2)
著者: Zhu, H. / Shen, Y. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2008年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin light chain 2
B: Kinesin light chain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9872
ポリマ－63,9872
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area25980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.422, 99.940, 103.106
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kinesin light chain 2 / KLC 2


分子量: 31993.252 Da / 分子数: 2 / 断片: TPR Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLC2 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Coden(+) / 参照: UniProt: Q9H0B6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 1.46 M Ammonium Sulfate, 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器日付: 2007年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 21563 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 8.42 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.694.20.583153811.551168.8
2.69-2.85.80.41218481.47182.2
2.8-2.937.90.32520691.918192.1
2.93-3.0811.30.31922131.558198.8
3.08-3.2815.60.29422731.8631100
3.28-3.5317.90.27722724.7291100
3.53-3.8814.60.312228123.5191100
3.88-4.4517.20.11922957.3281100
4.45-5.617.20.10323188.4331100
5.6-50160.07245614.512199.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
直接法位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 38.674 / SU ML: 0.336 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.976 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Atomic B factors are residuals from TLS refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 979 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 19197 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4085 0 0 2 4087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8451.9745604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1965515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50724.242198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.53215761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6091532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.21844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.22811
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1010.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.181.52659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.32524108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.45831681
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8044.51496
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 46 -
Rwork0.33 1084 -
all-1130 -
obs--79.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6023-2.69542.96023.0413-2.13692.4435-0.02310.50220.5720.0776-0.4251-0.7907-0.17250.38440.44820.0422-0.0645-0.03890.05420.01640.350216.4343-9.31915.3435
210.2886-3.4156-0.66832.1621.31635.0010.23630.39740.26580.0235-0.1673-0.42740.1644-0.1186-0.0690.037-0.0715-0.0191-0.15330.0716-0.2227-9.87940.31197.8472
310.23-6.21963.899823.86881.888812.6742-0.09810.3254-1.722-0.33160.79472.40731.4602-1.2044-0.69670.1339-0.2893-0.01650.52870.10820.1438-33.3346-2.759810.9227
48.9643-2.3321-0.30119.70522.434512.7072-0.25410.11110.00030.39030.54650.18340.7353-0.7302-0.2924-0.1482-0.02510.01840.03680.0244-0.2448-25.12063.464519.6024
58.641-1.5866-2.72293.8581.38747.2444-0.9401-0.5827-0.52680.35770.2466-0.07140.35280.46570.69350.11810.08750.0805-0.0587-0.0360.266716.9408-23.381532.9458
63.9174-2.725-4.04332.34494.21748.565-0.4106-0.3214-0.67940.06110.0989-0.01640.54580.31960.31180.11810.02950.06450.1757-0.04480.22992.9592-17.643.9724
78.7097-5.38921.21644.64751.223.9319-0.3363-0.3251-0.2621-0.31140.2934-0.2711-0.24920.25140.04290.0111-0.08150.1162-0.04660.052-0.2072-12.191-5.179145.0687
80.11880.6548-1.043213.827-4.70129.2713-0.1616-0.16481.1732-0.08010.328-0.322-1.2681-0.8249-0.16640.25760.0780.05940.2098-0.04710.2766-27.371914.191937.0389
96.7414-0.01070.8095.5134-2.994116.80740.1365-0.13540.0467-0.12080.18390.289-0.0176-0.5231-0.3204-0.06130.05240.0034-0.0558-0.0272-0.2304-26.09863.073733.343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA211 - 32514 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2AA326 - 396129 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3AA397 - 442200 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4AA445 - 479248 - 282
5X-RAY DIFFRACTION5BB211 - 27914 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6BB280 - 32183 - 124
7X-RAY DIFFRACTION7BB322 - 400125 - 203
8X-RAY DIFFRACTION8BB401 - 447204 - 250
9X-RAY DIFFRACTION9BB448 - 479251 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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