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- PDB-3ceg: Crystal structure of the UBC domain of baculoviral IAP repeat-con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ceg
タイトルCrystal structure of the UBC domain of baculoviral IAP repeat-containing protein 6
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
キーワードLIGASE / APOPTOSIS / PROTEASE INHIBITOR / THIOL PROTEASE INHIBITOR / UBL CONJUGATION PATHWAY / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Flemming body / ubiquitin conjugating enzyme activity / microtubule organizing center / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network ...labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Flemming body / ubiquitin conjugating enzyme activity / microtubule organizing center / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network / spindle pole / ubiquitin-protein transferase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / regulation of cell population proliferation / midbody / protein phosphorylation / cell population proliferation / endosome / protein ubiquitination / cell division / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / negative regulation of apoptotic process / membrane / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.008 Å
データ登録者Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Butler-Cole, C. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2012
タイトル: A human ubiquitin conjugating enzyme (E2)-HECT E3 ligase structure-function screen.
著者: Sheng, Y. / Hong, J.H. / Doherty, R. / Srikumar, T. / Shloush, J. / Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Neculai, D. / Wan, J.W. / Kim, S.K. / Arrowsmith, C.H. / Raught, B. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2008年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1112
ポリマ－74,1112
非ポリマー00
水5,675315
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0561
ポリマ－37,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0561
ポリマ－37,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.199, 97.815, 129.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / Ubiquitin-conjugating BIR domain enzyme apollon


分子量: 37055.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UBC domain: Residues 4470-4792 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC6, KIAA1289 / プラスミド: pET28-MHL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NR09, ubiquitin-protein ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 298 K / pH: 10
詳細: 11 % PEG 8000, 0.1 M Gycine buffer pH 10.0, 0.001 M DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97942
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 62447 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 18.623
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.585 / Rsym value: 0.637 / % possible all: 70.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.008→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 5.118 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25248 3127 5 %RANDOM
Rwork0.21089 ---
obs0.21295 59243 92.92 %-
all-62371 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.008→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4579 0 0 315 4894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2471.9526462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1465591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.89624.484223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11615783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7481525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2880.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8233049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5244785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.47251960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.71671677
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.008→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 170 -
Rwork0.353 3111 -
obs--67.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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