PDB-3ced: Crystal structure of the C-terminal NIL domain of an ABC transpor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ced

タイトル

Crystal structure of the C-terminal NIL domain of an ABC transporter protein homologue from Staphylococcus aureus

要素

Methionine import ATP-binding protein metN 2

キーワード

HYDROLASE / ABC transporter / NIL domain / Staphylococcus aureus / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Amino-acid transport / ATP-binding / Membrane / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type methionine transporter / ABC-type D-methionine transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of the C-terminal NIL domain of an ABC transporter protein homologue from Staphylococcus aureus.
著者: Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ced.cif.gz	79.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ced.ent.gz	60 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ced.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3ced ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3ced	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1bte-2 5k9f-d 4es2-d 1q8l-d 4yef-5 3m8a-4 4yee-14 1ag2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC87061.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#123 - 2010年3月
P-糖タンパク質 (P-glycoprotein)
類似性 (5)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (5)

登録構造単位

A: Methionine import ATP-binding protein metN 2

B: Methionine import ATP-binding protein metN 2

C: Methionine import ATP-binding protein metN 2

ヘテロ分子

33.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methionine import ATP-binding protein metN 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methionine import ATP-binding protein metN 2

ソフトウェアが定義した集合体
11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Methionine import ATP-binding protein metN 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.550, 132.550, 132.083
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-494- HOH
2	1	C-431- HOH
3	1	C-492- HOH

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Methionine import ATP-binding protein metN 2 分子量: 11019.340 Da / 分子数: 3 / 断片: NIL domain: Residues 247-341 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: Mu50 / 遺伝子: metN2, SAV0837 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q99VG8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物	ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL 分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.97 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% 1,4-Butanediol, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793, 0.9795

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月7日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9795	1

Reflection

冗長度: 16.3 % / Av σ(I) over netI: 8.2 / 数: 526788 / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 1.46 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32344 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.18	50	99	1	0.057	3.694	15.3
4.11	5.18	100	1	0.055	2.621	15.7
3.59	4.11	100	1	0.07	2.682	16
3.26	3.59	100	1	0.075	2.046	16.3
3.03	3.26	100	1	0.089	1.572	16.4
2.85	3.03	100	1	0.108	1.298	16.4
2.71	2.85	100	1	0.139	1.055	16.5
2.59	2.71	100	1	0.175	0.97	16.5
2.49	2.59	100	1	0.209	0.883	16.5
2.41	2.49	100	1	0.253	0.797	16.6
2.33	2.41	100	1	0.296	0.765	16.5
2.26	2.33	100	1	0.347	0.743	16.5
2.2	2.26	100	1	0.425	0.693	16.5
2.15	2.2	100	1	0.463	0.687	16.5

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 32344 / Num. obs: 32344 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 1.46 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 16.5 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2279 / Χ²: 0.687 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.413 / FOM acentric: 0.428 / FOM centric: 0.285 / 反射: 32206 / Reflection acentric: 28941 / Reflection centric: 3265

Phasing MAD set

最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 50 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.97	1	0.2	0.1	0	0	28941	3265
2	0.91	0.88	14	20.8	0.73	0.56	27082	3118

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	13.22-50	1.27	1	0.6	0.5	0	0	85	67
1	7.62-13.22	1.28	1	0.6	0.4	0	0	469	174
1	5.35-7.62	1.98	1	0.5	0.3	0	0	1158	271
1	4.12-5.35	1.33	1	0.4	0.3	0	0	2178	357
1	3.35-4.12	1.34	1	0.3	0.2	0	0	3502	459
1	2.83-3.35	1.88	1	0.2	0.1	0	0	5137	553
1	2.44-2.83	3.66	1	0.2	0	0	0	7059	643
1	2.15-2.44	5.64	1	0.1	0	0	0	9353	741
2	13.22-50	0.82	0.8	19.9	29.1	1.69	0.93	85	63
2	7.62-13.22	0.77	0.7	19.4	24.9	1.57	1.11	469	174
2	5.35-7.62	0.74	0.76	16.1	21.7	1.61	1.01	1158	271
2	4.12-5.35	0.84	0.82	19.2	25	1.05	0.72	2178	357
2	3.35-4.12	0.91	0.89	19.4	24.7	0.77	0.56	3502	459
2	2.83-3.35	0.91	0.94	13.7	20.6	0.75	0.43	5137	553
2	2.44-2.83	0.95	0.96	11.2	16.7	0.6	0.35	7057	643
2	2.15-2.44	0.99	0.99	12.2	17.3	0.36	0.23	7496	598

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	31.78432	-0.896	-0.629	-0.194	0
2	Se	31.75774	-1.104	-0.695	-0.128	0
3	Se	44.68042	-1.128	-0.806	-0.104	0
4	Se	32.02475	-0.896	-0.629	-0.194	-0.139
5	Se	27.9407	-1.104	-0.694	-0.129	-0.119
6	Se	43.56807	-1.128	-0.806	-0.104	-0.114

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
13.22-50	0.592	0.717	0.435	152	85	67
7.62-13.22	0.699	0.761	0.53	643	469	174
5.35-7.62	0.72	0.77	0.507	1429	1158	271
4.12-5.35	0.666	0.702	0.445	2535	2178	357
3.35-4.12	0.595	0.627	0.35	3961	3502	459
2.83-3.35	0.527	0.553	0.29	5690	5137	553
2.44-2.83	0.37	0.386	0.199	7702	7059	643
2.15-2.44	0.183	0.191	0.085	10094	9353	741

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.15→35.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.053 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.14
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	1632	5.1 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
all	0.186	32204	-	-
obs	0.186	32204	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.948 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2316	0	24	323	2663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.303	1.986	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.032	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.234	25.385	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.902	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.389	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.106	1.5	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.567	2	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.418	3	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.968	4.5	834

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	117	-
R_work	0.184	2233	-
all	-	2350	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8478	0.0717	-0.1807	1.8872	0.3747	1.8172	0.1246	-0.1074	-0.0147	0.0476	0.0106	0.0707	-0.0937	0.0232	-0.1352	-0.0937	-0.0245	0.0021	-0.0716	-0.0192	-0.0462	51.5592	23.1167	41.0123
2	1.7436	-0.0173	0.4307	2.7556	0.0853	1.8956	-0.1228	0.0803	0.0258	0.0224	0.1094	0.129	0.0694	-0.0406	0.0134	-0.0478	-0.0036	-0.0172	-0.0937	0.0249	-0.0693	25.1229	51.6295	43.0665
3	1.6479	-0.4717	0.1007	1.3602	0.1174	2.597	0.0002	-0.0537	-0.0677	-0.0436	-0.135	-0.0742	0.1338	-0.0352	0.1348	-0.0685	0.0142	0.0244	-0.0463	0.004	-0.0854	23.0231	25.1131	14.685

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	244 - 341	1 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	244 - 341	1 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	244 - 341	1 - 98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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