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- PDB-3cc9: Crystal structure of Plasmodium vivax putative polyprenyl pyropho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cc9
タイトルCrystal structure of Plasmodium vivax putative polyprenyl pyrophosphate synthase in complex with geranylgeranyl diphosphate
要素Putative farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードLYASE / malaria / farnesyl pyrophosphate synthase diphosphate / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax SaI-1 (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Dunford, J. / Lew, J. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. ...Wernimont, A.K. / Dunford, J. / Lew, J. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Plasmodium vivax putative polyprenyl pyrophosphate synthase in complex with geranylgeranyl diphosphate.
著者: Wernimont, A.K. / Dunford, J. / Lew, J. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D.
履歴
登録2008年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative farnesyl pyrophosphate synthase
B: Putative farnesyl pyrophosphate synthase
C: Putative farnesyl pyrophosphate synthase
D: Putative farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,6889
ポリマ－184,8634
非ポリマー1,8255
水4,324240
1
A: Putative farnesyl pyrophosphate synthase
B: Putative farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3555
ポリマ－92,4322
非ポリマー9243
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-50.7 kcal/mol
Surface area28350 Å2
手法PISA
2
C: Putative farnesyl pyrophosphate synthase
D: Putative farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3324
ポリマ－92,4322
非ポリマー9012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-48.3 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.095, 108.985, 141.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative farnesyl pyrophosphate synthase


分子量: 46215.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax SaI-1 (マラリア 病原虫)
生物種: Plasmodium vivax / 株: Salvador I / 遺伝子: PF11_0295, PVX_092040 / プラスミド: p15-tev-lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: A5K4U6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-GRG / GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE / ゲラニルゲラニルピロりん酸


分子量: 450.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H36O7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THERE IS A DIFFERENCE BETWEEN THE DATABASE SEQUENCE AND THE SEQUENCE THE AUTHORS ...AUTHORS STATE THAT THERE IS A DIFFERENCE BETWEEN THE DATABASE SEQUENCE AND THE SEQUENCE THE AUTHORS GOT FROM CDNA.'

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 19% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 1mM GGPP, 2mM MgCl2, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 73983 / Num. obs: 73983 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.035 / Χ2: 1.427 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 7327 / Χ2: 1.214 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.19 Å
Translation2.5 Å38.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2O1O

2o1o


解像度: 2.3→34.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 17.248 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 3720 5 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.243 73847 --
obs0.243 73847 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.439 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10866 0 115 240 11221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02211196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.081.96115191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.38851351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.85324.914523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.341151814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.941530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.25537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.27875
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0860.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3051.56809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.575210897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.74934576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1924.54292
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 252 -
Rwork0.283 4978 -
all-5230 -
obs-3560 96.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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