PDB-3cc8: Crystal structure of a putative methyltransferase (bce_1332) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cc8

タイトル

Crystal structure of a putative methyltransferase (bce_1332) from bacillus cereus atcc 10987 at 1.64 A resolution

要素

Putative methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Putative methyltransferase from ndp-n-methyl-l-glucosamine biosynthetic pathway / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICKEL (II) ION / SAM-dependent methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative methyltransferase from NDP-N-methyl-L-glucosamine biosynthetic pathway (NP_977653.1) from Bacillus cereus ATCC 10987 at 1.64 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cc8.cif.gz	64.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cc8.ent.gz	45.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/3cc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/3cc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6apt-d 2j8f-d 4dct-d 2j8g-d 3bh7-d 4ziy-d 4dcu-d 3klj-d 2hjg-d 1mtl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 383436

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative methyltransferase

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative methyltransferase

ヘテロ分子

A: Putative methyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.223, 54.399, 52.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.500, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

AUTHORS STATE THAT THE CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Putative methyltransferase 分子量: 26513.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: NP_977653.1, BCE_1332 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q73BT6
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NANODROP, 40.0% MPD, 5.0% PEG 8000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.97964, 0.97978

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97964	1
3	0.97978	1

反射

解像度: 1.64→28.194 Å / Num. obs: 29308 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.775 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.64-1.68	3.9	0.792	0.9	8153	2099	0.792	96.8
1.68-1.73	3.9	0.597	1.2	8097	2088	0.597	97.1
1.73-1.78	3.9	0.471	1.6	7863	2028	0.471	97.2
1.78-1.83	3.9	0.371	2	7667	1979	0.371	97.5
1.83-1.89	3.9	0.278	2.7	7461	1923	0.278	97.6
1.89-1.96	3.9	0.209	3.5	7140	1846	0.209	97.8
1.96-2.03	3.9	0.155	4.7	7040	1818	0.155	98
2.03-2.12	3.9	0.129	5.5	6743	1745	0.129	98.2
2.12-2.21	3.9	0.113	6.3	6364	1642	0.113	98.2
2.21-2.32	3.9	0.096	7.3	6158	1595	0.096	98.5
2.32-2.44	3.9	0.086	8	5897	1526	0.086	98.6
2.44-2.59	3.9	0.08	8.3	5529	1431	0.08	98.7
2.59-2.77	3.9	0.072	9.1	5271	1368	0.072	98.8
2.77-2.99	3.8	0.064	10	4841	1261	0.064	99
2.99-3.28	3.8	0.057	10.6	4516	1180	0.057	99.2
3.28-3.67	3.8	0.051	12.3	4029	1058	0.051	99.3
3.67-4.23	3.8	0.045	13.7	3623	954	0.045	99.4
4.23-5.19	3.8	0.043	14.3	2983	795	0.043	99.7
5.19-7.33	3.7	0.048	13.4	2321	629	0.048	99.6
7.33-28.194	3.5	0.051	11.9	1187	343	0.051	95.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.64→28.194 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 3.814 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	1491	5.1 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.167	29307	97.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.725 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	-1.33 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→28.194 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1664	0	2	174	1840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.964	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.981	3	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.478	5	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.041	24.937	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.441	15	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.299	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.149	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.296	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.087	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.481	3	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.568	3	449
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.039	5	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.609	8	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.574	11	650

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	100	-
R_work	0.262	1998	-
all	-	2098	-
obs	-	-	96.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.5858 Å / Origin y: 33.1978 Å / Origin z: 14.228 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0643 Å²	0.0002 Å²	0.0244 Å²	-	-0.0506 Å²	-0.0075 Å²	-	-	-0.0729 Å²
L	1.3315 °²	-0.6809 °²	1.3495 °²	-	1.3942 °²	-0.6337 °²	-	-	1.6335 °²
S	0.1014 Å °	0.0947 Å °	-0.0553 Å °	-0.0166 Å °	-0.0271 Å °	0.0896 Å °	0.0595 Å °	-0.0054 Å °	-0.0743 Å °

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