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万見
- PDB-3cbh: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CELLOBIOHYDROLASE FROM TRICHODERMA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cbh
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CELLOBIOHYDROLASE FROM TRICHODERMA REESEI
要素CELLOBIOHYDROLASE II CORE PROTEIN
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain ...Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jones, T.A. / Rouvinen, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Three-dimensional structure of cellobiohydrolase II from Trichoderma reesei.
著者: Rouvinen, J. / Bergfors, T. / Teeri, T. / Knowles, J.K. / Jones, T.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallization of the Core Protein of Cellobiohydrolase II from Trichoderma Reesei
著者: Bergfors, T. / Rouvinen, J. / Lehtovaara, P. / Caldentey, X. / Tomme, P. / Claeyssens, M. / Pettersson, G. / Teeri, T. / Knowles, J. / Jones, T.A.
履歴
登録1990年8月6日処理サイト: BNL
改定 1.01991年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLOBIOHYDROLASE II CORE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0551
ポリマ－39,0551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.100, 75.800, 92.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 358, 423, AND 444 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 CELLOBIOHYDROLASE II CORE PROTEIN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 39055.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類)
参照: UniProt: P07987, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.44 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 %PEG60001drop
320 mMMES1drop
420 %PEG60001reservoir
520 mMMES1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 0.55 Å / 最低解像度: 2.8 Å / Num. obs: 32934 / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 99337 / Rmerge(I) obs: 0.0764

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→8 Å / Rfactor Rwork: 0.155
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数365 0 0 0 365
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor all: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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