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- PDB-3cbc: Crystal structure of Siderocalin (NGAL, Lipocalin 2) Y106F comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cbc
タイトルCrystal structure of Siderocalin (NGAL, Lipocalin 2) Y106F complexed with Ferric Enterobactin
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Siderocalin / Ngal / 24p3 / Enterobactin / Glycoprotein / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light ...positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light / cellular response to increased oxygen levels / response to fructose / cellular response to X-ray / short-term memory / cellular response to interleukin-6 / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / response to herbicide / response to iron(II) ion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / long-term memory / cellular response to nutrient levels / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of endothelial cell migration / acute-phase response / Iron uptake and transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to virus / specific granule lumen / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to amyloid-beta / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / defense response to bacterium / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DBS / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / Used previously-determined structure / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Clifton, M.C. / Pizaro, J.C. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: The siderocalin/enterobactin interaction: a link between mammalian immunity and bacterial iron transport.
著者: Abergel, R.J. / Clifton, M.C. / Pizarro, J.C. / Warner, J.A. / Shuh, D.K. / Strong, R.K. / Raymond, K.N.
履歴
登録2008年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,34119
ポリマ－67,7463
非ポリマー1,59516
水5,206289
1
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9424
ポリマ－22,5821
非ポリマー3603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0345
ポリマ－22,5821
非ポリマー4524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,36510
ポリマ－22,5821
非ポリマー7839
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.809, 114.809, 118.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Siderocalin is normally a dimer, however the C87S mutation prevents dimerization.

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / p25 / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3


分子量: 22581.963 Da / 分子数: 3 / 変異: C87S, Y106F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+RIL / 参照: UniProt: P80188

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非ポリマー , 5種, 305分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-DBS / 2-(2,3-DIHYDROXY-BENZOYLAMINO)-3-HYDROXY-PROPIONIC ACID / 2,3,-DIHYDROXYBENZOYLSERINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 241.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11NO6
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Ammonium sulfate, Sodium Chloride, Lithium Sulfate, Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. all: 80222 / Num. obs: 42605 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.17→2.17 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4165 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: Used previously-determined structure / 解像度: 2.17→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 5.322 / SU ML: 0.139 / Isotropic thermal model: 1L6M / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25637 4058 9.5 %RANDOM
Rwork0.23065 ---
obs0.23307 38466 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4155 0 99 289 4543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0224424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8661.9816020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7753.0027337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0185541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8724.826201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35515730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.031516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1640.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.23003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.22082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.22280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0870.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1510.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.41122658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.03921051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77234329
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7841811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.26161680
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 298 -
Rwork0.266 2776 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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