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万見
- PDB-3cb8: 4Fe-4S-Pyruvate formate-lyase activating enzyme in complex with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cb8
タイトル4Fe-4S-Pyruvate formate-lyase activating enzyme in complex with AdoMet and a peptide substrate
要素
  • Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
  • peptide substrate VSGYAV
キーワードOXIDOREDUCTASE / AdoMet radical / SAM radical / activase / glycyl radical / partial TIM barrel / 4Fe-4S / Carbohydrate metabolism / Cytoplasm / Glucose metabolism / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


[formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme / [formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme activity / potassium ion binding / protein maturation / glucose metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / DNA damage response / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyruvate formate-lyase 1 activating enzyme / Radical-activating enzyme, conserved site / Organic radical enzyme activase / Organic radical-activating enzymes / Pyruvate formate-lyase activase / Radical activating enzymes signature. / 4Fe-4S single cluster domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM ...Pyruvate formate-lyase 1 activating enzyme / Radical-activating enzyme, conserved site / Organic radical enzyme activase / Organic radical-activating enzymes / Pyruvate formate-lyase activase / Radical activating enzymes signature. / 4Fe-4S single cluster domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Vey, J.L. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural basis for glycyl radical formation by pyruvate formate-lyase activating enzyme.
著者: Vey, J.L. / Yang, J. / Li, M. / Broderick, W.E. / Broderick, J.B. / Drennan, C.L.
履歴
登録2008年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
B: peptide substrate VSGYAV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6679
ポリマ－28,7102
非ポリマー9577
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-25.4 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.494, 74.494, 187.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme / PFL-activating enzyme / Formate-C-acetyltransferase-activating enzyme 1


分子量: 28115.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pflA / プラスミド: pCAL-n-AE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P0A9N4, [formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme
#2: タンパク質・ペプチド peptide substrate VSGYAV


分子量: 594.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was synthesized by Celtek Peptides

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非ポリマー , 5種, 19分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#6: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM HEPES, 3.5 M sodium formate, 0.2 mM 2,6-dimethyl-4-heptyl-beta-D-maltopyranoside, pH 6.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.73955,1.74158,1.36241
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月8日
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymetric cut 12.2 degs
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.739551
21.741581
31.362411
Reflection冗長度: 9.8 % / Av σ(I) over netI: 14.2 / 数: 125568 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.05 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 12853 / % possible obs: 98.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.245099.810.061.00210.4
4.966.2410010.0851.03210.7
4.334.9610010.0911.04810.7
3.944.3310010.1081.07210.6
3.653.9410010.1321.08910.6
3.443.6510010.191.12210.6
3.273.4410010.2431.02110.4
3.123.2710010.3451.039.6
33.1298.110.3941.057.7
2.9387.610.421.0185.8
反射解像度: 2.77→37.95 Å / Num. obs: 8376 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 11.41 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.77→2.87 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / Num. unique all: 1406 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 95

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.1位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEITデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.77→37.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / FOM work R set: 0.767 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 438 5.2 %random
Rwork0.229 ---
all0.277 8376 --
obs0.277 8376 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: ANISOTROPIC / Bsol: 83.049 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 79.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.317 Å2-4.595 Å20 Å2
2---5.317 Å20 Å2
3---10.634 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→37.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1935 0 36 24 1995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7932
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7462.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.66
LS精密化 シェル解像度: 2.77→2.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.061
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 54 4.2 %
Rwork0.394 1230 -
obs-1230 95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ligands.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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