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万見
- PDB-3cb2: Crystal structure of human gamma-tubulin bound to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cb2
タイトルCrystal structure of human gamma-tubulin bound to GDP
要素tubulin gamma-1 chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / HYDROLASE / tubulin / lattice / microtubule / nucleation / GTPase / lateral interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule nucleator activity / polar microtubule / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / non-motile cilium / pericentriolar material / cell leading edge ...microtubule nucleator activity / polar microtubule / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / non-motile cilium / pericentriolar material / cell leading edge / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / condensed nuclear chromosome / mitotic spindle organization / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / apical part of cell / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / neuron projection / ciliary basal body / centrosome / GTP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gamma tubulin / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. ...Gamma tubulin / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Tubulin gamma-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Rice, L.M. / Montabana, E.A. / Agard, D.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: The lattice as allosteric effector: structural studies of alphabeta- and gamma-tubulin clarify the role of GTP in microtubule assembly
著者: Rice, L.M. / Montabana, E.A. / Agard, D.A.
履歴
登録2008年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tubulin gamma-1 chain
B: tubulin gamma-1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9664
ポリマ－108,0802
非ポリマー8862
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-28.7 kcal/mol
Surface area32580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.744, 108.755, 83.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 tubulin gamma-1 chain / E.C.3.6.5.6 / Gamma-1-tubulin / Gamma-tubulin complex component 1 / GCP-1


分子量: 54039.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBG1, TUBG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P23258, EC: 3.6.5.6
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: top solution: 83 mM HEPES pH 7.2, 1.2M KCl, 20% PEG6000, 1mM GDP; reservoir: 83mM HEPES pH 7.2, 0.6M KCl, 20% PEG6000, 1 mM GDP. Protein was mixed 1:1 or 1:2 with top solution, and ...詳細: top solution: 83 mM HEPES pH 7.2, 1.2M KCl, 20% PEG6000, 1mM GDP; reservoir: 83mM HEPES pH 7.2, 0.6M KCl, 20% PEG6000, 1 mM GDP. Protein was mixed 1:1 or 1:2 with top solution, and equilibrated over the reservoir solution., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月6日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.303→82.76 Å / Num. all: 40179 / Num. obs: 38587 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.303→2.38 Å / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1Z5V stripped of sidechains and ligands

1z5v


解像度: 2.303→82.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 6.367 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23786 2005 5 %RANDOM
Rwork0.18654 ---
all0.18908 38587 --
obs0.18908 38151 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.015 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→82.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6578 0 56 378 7012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.9629230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3885846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05523.953301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.388151050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3711542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.23075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.24641
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.54378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96526841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15432733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8474.52389
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 161 -
Rwork0.203 2741 -
obs-2632 96.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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