PDB-3cb0: CobR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cb0

タイトル

CobR

要素

4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Corrin reductase / CobR / six-stranded anti-parallel beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase activity / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase / pyrimidine nucleobase catabolic process / riboflavin reductase (NADPH) activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Lawrence, A.D. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Identification, characterization, and structure/function analysis of a corrin reductase involved in adenosylcobalamin biosynthesis
著者: Lawrence, A.D. / Deery, E. / McLean, K.J. / Munro, A.W. / Pickersgill, R.W. / Rigby, S.E. / Warren, M.J.

履歴

登録	2008年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cb0.cif.gz	164.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cb0.ent.gz	127.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/3cb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/3cb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3k87-d 4b4o-3 4b4o-6 1i3c-d 6dxw-4 5jyo-2 4jgt-1 6ehi-3 3h61-1 1boh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

ヘテロ分子

75.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.661, 105.084, 140.801
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE / CobR / Corrin Reductase 分子量: 18747.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 遺伝子: cobR / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YHT7, EC: 1.14.13.3
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.5-1.0M Li2S04, 15-20% polyethylene glycol 800, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→42.8 Å / Num. obs: 97683 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 14080 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 1.56 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23063	4880	5 %	RANDOM
R_work	0.19482	-	-	-
obs	0.1966	92717	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4968	0	62	1201	6231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.046	1.955	6971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.847	5	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.905	23.509	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.827	15	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.22	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.105	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.538	1.5	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.914	2	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.6	3	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.492	4.5	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	352	-
R_work	0.227	6697	-
obs	-	-	98.75 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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