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- PDB-3cax: Crystal structure of uncharacterized protein PF0695 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cax
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein PF0695
要素Uncharacterized protein PF0695
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF438 / Family of unknown function (DUF438) / PAS domain / nmb1532 protein domain like / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Domain of unknown function DUF438 / Family of unknown function (DUF438) / PAS domain / nmb1532 protein domain like / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF438 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Hu, S. / Toro, R. / Gilmore, M. / Bain, K. / Meyer, A.J. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein PF0695.
著者: Ramagopal, U.A. / Hu, S. / Toro, R. / Gilmore, M. / Bain, K. / Meyer, A.J. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein PF0695


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6141
ポリマ－43,6141
非ポリマー00
水1,35175
1
A: Uncharacterized protein PF0695

A: Uncharacterized protein PF0695


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2292
ポリマ－87,2292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area8870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.840, 119.534, 181.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein PF0695


分子量: 43614.312 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 118-475 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
生物種: Pyrococcus furiosus / 株: DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0695 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2Y3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.02 %
解説: The data set that was collected at the NSLS beamline X4C has been used for SAD
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium(tri-)citrate pH 7.0, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4C10.9793
シンクロトロンNSLS X29A20.979
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2008年2月1日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年1月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.9791
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. all: 24050 / Num. obs: 24050 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.116 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.43→2.49 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique all: 2337 / Rsym value: 0.547 / Χ2: 0.567 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.43→34.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 13.852 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1234 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.188 24031 --
obs0.188 24031 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→34.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2947 0 0 75 3022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.9854092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1445356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61724.097144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.87415583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5631521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.31213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.52073
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.5184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.376
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.40321843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.87632904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.57621361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.65631188
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.494 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 53 -
Rwork0.274 1008 -
all-1061 -
obs--58.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9235-1.61530.4964.5596-0.80160.8465-0.0248-0.2268-0.02470.25320.01660.22370.071-0.07120.0082-0.1908-0.04790.037-0.142-0.0011-0.171422.11730.84355.936
22.7455-0.3941-1.22972.520.106711.20430.0503-0.1582-0.1690.0653-0.0817-0.25810.95090.37970.03140.11810.0653-0.0389-0.0030.048-0.183533.81916.99485.644
32.3524-1.4242-0.74253.4976-0.78996.4236-0.2298-0.10110.62890.02170.20520.0321-1.0225-0.52710.02450.19350.1041-0.11040.0659-0.1064-0.062623.73330.408103.353
418.03414.9657-6.090831.70323.227718.77580.84190.16511.3741-0.0425-0.0448-0.5369-1.97970.0358-0.79710.1717-0.0464-0.06410.150.06350.178738.04745.30681.83
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA119 - 3345 - 220
2X-RAY DIFFRACTION2AA335 - 363221 - 249
3X-RAY DIFFRACTION3AA364 - 459250 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4AA460 - 473346 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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