PDB-3can: Crystal structure of a domain of pyruvate-formate lyase-activatin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3can

タイトル

Crystal structure of a domain of pyruvate-formate lyase-activating enzyme from Bacteroides vulgatus ATCC 8482

要素

Pyruvate-formate lyase-activating enzyme

キーワード

LYASE ACTIVATOR / structural genomics / pyruvate-formate lyase-activating enzyme / PSI / MCSG / APC20359.1 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

[formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme / [formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides vulgatus ATCC 8482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nocek, B. / Hendricks, R. / Hatzos, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a domain of pyruvate-formate lyase-activating enzyme from Bacteroides vulgatus ATCC 8482.
著者: Nocek, B. / Hendricks, R. / Hatzos, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3can.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3can_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3can_full_validation.pdf.gz	428.1 KB	表示
XML形式データ	3can_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	3can_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3can ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3can	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6c8v-d 6ud0-d 6tjh-2 5l37-d 5ckt-2 6whh-d 5j3w-1 6tjc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC20359.1

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (5) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (5) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (5)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (5)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Pyruvate-formate lyase-activating enzyme

20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate-formate lyase-activating enzyme

ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.768, 73.768, 101.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-316- HOH

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

#1: タンパク質	Pyruvate-formate lyase-activating enzyme 分子量: 20436.084 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain: Residues 124-302 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus ATCC 8482 (バクテリア) 生物種: Bacteroides vulgatus / 株: DSM 1447 / NCTC 11154 / 遺伝子: BVU_1420 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6L094
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.54 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 60% v/v Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35 Å / Num. all: 26922 / Num. obs: 26654 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 47
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
Coot		モデル構築
MLPHARE		位相決定
PHENIX		位相決定
REFMAC		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.87 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	1343	5.1 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
all	0.168	26654	-	-
obs	0.163	26580	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.573 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1267	0	0	174	1441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.144	1.99	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.842	3	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.088	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.39	24.754	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.153	15	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.011	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	697
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.28	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.255	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.851	1.5	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.151	1.5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.079	2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.821	3	546
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.714	4.5	458

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	84	-
R_work	0.177	1835	-
all	-	1919	-
obs	-	-	99.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7156	-0.1581	-2.8145	1.0011	-1.4966	15.7136	0.0303	0.0656	0.0686	0.0597	0.1086	0.0601	-0.0749	-0.2963	-0.1389	0.066	-0.009	0.0109	0.0647	0.0039	0.078	14.3115	-11.971	28.1087
2	0.3827	0.088	-0.2467	0.625	-0.3727	2.4381	0.0099	0.0881	-0.0706	0.1204	-0.02	-0.1753	-0.1003	-0.0078	0.0101	0.0798	0.0189	-0.0089	0.0645	-0.0061	0.0826	22.8086	-15.9581	27.5402
3	0.9181	-0.6371	-0.6006	2.7436	0.7241	0.7268	-0.0678	-0.0665	-0.0432	0.3	0.0442	-0.2711	-0.0033	0.0389	0.0236	0.1058	-0.0024	-0.0396	0.0548	0	0.0872	24.0151	-7.1391	34.6285
4	2.6312	-2.2203	-2.9126	2.9185	3.3352	3.9609	0.0357	-0.001	-0.096	0.0736	-0.0961	-0.0035	-0.0754	0.0122	0.0604	0.119	0.0064	0.0178	0.0398	0.0037	0.0539	17.0684	-1.4361	32.5794
5	2.734	-1.1209	-2.5718	10.4517	1.2615	15.3851	-0.1136	-0.3075	-0.01	0.3146	-0.0712	-0.0066	1.1113	0.2344	0.1848	0.1933	-0.0452	0.0428	0.0284	-0.0508	0.0136	8.8828	0.9808	47.6644
6	38.7324	13.6894	-42.8491	19.8678	1.4279	65.6768	-0.2671	2.5984	-0.0446	-0.9755	-0.2514	0.2905	2.9454	-2.8818	0.5185	0.4094	-0.0476	-0.0234	-0.0412	0.0428	-0.0838	8.025	-3.02	46.2962
7	21.4084	6.2392	-8.8547	7.4187	-10.2079	24.8455	-0.3539	-0.5684	-0.2115	-0.0553	-0.3568	-0.3964	0.8589	0.4348	0.7107	0.135	0.0184	0.0312	-0.0064	-0.0208	0.0115	18.2551	1.9679	42.8633
8	5.656	-1.9296	-1.4603	4.457	4.0408	3.6808	-0.1631	-0.1848	0.0444	0.1541	0.1869	-0.2806	0.0614	0.3617	-0.0238	0.0859	-0.0193	0.0073	0.0234	-0.0142	0.0869	24.6346	3.0224	32.3421
9	6.9868	-1.1565	-4.3949	1.9413	1.9627	3.6364	-0.0851	0.0304	-0.47	-0.0767	-0.3667	0.1903	0.0351	-0.2124	0.4518	0.0741	-0.0067	-0.0123	0.0914	-0.0616	0.064	7.1682	3.0845	33.2733
10	3.3462	0.7768	-0.8416	2.2913	1.1737	1.2388	-0.0339	-0.024	0.125	-0.0202	-0.1391	0.1135	-0.132	-0.0588	0.173	0.108	-0.0005	-0.0078	0.0485	-0.039	0.067	9.2539	12.4626	37.7472
11	5.1199	1.431	-0.7286	1.8192	1.3089	1.7382	-0.0158	0.0459	0.0314	-0.3249	-0.0588	-0.0081	-0.2735	-0.0475	0.0746	0.1098	-0.001	-0.0059	0.0233	-0.0012	0.0497	15.4646	7.0776	28.2735
12	25.8787	1.5806	-3.6264	29.4821	20.0991	36.5114	0.0797	-1.1916	-0.6881	2.0821	-1.8302	1.9365	2.4682	-2.005	1.7505	0.1159	-0.2405	0.1836	0.2907	-0.3121	0.2165	-4.4797	-0.6341	35.4571
13	7.2358	5.2403	-4.4754	33.3417	-15.2097	12.3565	-0.0084	0.0557	0.1018	-0.1002	-0.5279	1.0961	0.1539	-1.075	0.5363	-0.187	-0.02	-0.0134	0.1935	-0.2937	0.1398	-5.9332	5.521	34.0173
14	32.8461	16.8441	-0.5852	9.3603	-2.8791	9.218	-0.1212	0.3709	1.0345	0.0227	-0.1719	0.6611	-0.5517	-0.7249	0.2931	0.0444	0.1268	-0.1132	0.1034	-0.1805	0.1442	-1.6894	12.7138	29.9779
15	4.5668	3.1882	1.6232	7.1278	2.2255	3.468	-0.0135	0.2144	0.139	-0.5635	-0.2179	0.1532	-0.4539	-0.2588	0.2315	0.1341	0.0517	-0.0778	0.0463	-0.0181	0.0156	8.2809	12.7385	27.4634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 16	4 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	17 - 37	14 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	38 - 55	35 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	56 - 69	53 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	70 - 74	67 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	75 - 80	72 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	81 - 86	78 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	87 - 97	84 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	98 - 108	95 - 105
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	109 - 123	106 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	124 - 135	121 - 132
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	136 - 158	133 - 155
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	159 - 164	156 - 161
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	165 - 170	162 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	171 - 185	168 - 182

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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