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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cai | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv3778c protein | ||||||
要素 | POSSIBLE AMINOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Rv3778c / Aminotransferase (アミノ基転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Covarrubias, A.S. / Larsson, A.M. / Jones, T.A. / Bergfors, T. / Mowbray, S.L. / Unge, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure and biochemical function studies of Mycobacterium tuberculosis essential protein Rv3778c 著者: Covarrubias, A.S. / Larsson, A.M. / Jones, T.A. / Bergfors, T. / Mowbray, S.L. / Unge, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cai.cif.gz | 170.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cai.ent.gz | 133.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cai | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1c0nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42852.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: rv3778c / プラスミド: pPCRT7/CT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) AI 参照: UniProt: P72044, UniProt: P9WQ67*PLUS, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 14.4% PEG 5000, 100mM sodium acetate, 10mM NaCl, 100mM Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→30.95 Å / Num. obs: 70551 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 3.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 0.397 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.589
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1C0N 解像度: 1.8→30.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.954 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.258 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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