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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cae | ||||||
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タイトル | Structure of NNQQNY as an insert in T7 endonuclease I | ||||||
要素 | Endonuclease I | ||||||
キーワード | HYDROLASE / T7 endonuclease I / amyloid / steric zipper | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 degradation of host chromosome by virus / deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / double-stranded DNA endonuclease activity / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA integration / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T7 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Z. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008 タイトル: The structure of a fibril-forming sequence, NNQQNY, in the context of a globular fold. 著者: Guo, Z. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cae.cif.gz | 277 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cae.ent.gz | 226.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cae.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cae_validation.pdf.gz | 504 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cae_full_validation.pdf.gz | 550.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cae_validation.xml.gz | 51.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cae_validation.cif.gz | 68.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cae | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15650.829 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00641, deoxyribonuclease IV #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 2% dimethyl formamide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→90 Å / Num. all: 43123 / Num. obs: 43123 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.052 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4219 / Rsym value: 0.429 / Χ2: 1.006 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1FZR, residues 18-43 of molecule A and residues 51-145 of molecule B 解像度: 3→90 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 62.292 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 86.205 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→90 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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