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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cad | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Natural Killer Cell Receptor, Ly49G | ||||||
要素 | Lectin-related NK cell receptor LY49G1 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Ly49G / C-type lectin-like domain / natural killer receptor domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / external side of plasma membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Molecular Architecture of the Major Histocompatibility Complex Class I-binding Site of Ly49 Natural Killer Cell Receptors. 著者: Deng, L. / Cho, S. / Malchiodi, E.L. / Kerzic, M.C. / Dam, J. / Mariuzza, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cad.cif.gz | 62.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cad.ent.gz | 51.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cad.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cad | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14575.711 Da / 分子数: 2 / 断片: Ly49G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Klra7 / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JHV6, UniProt: Q60654*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% (weight/volume) PEG 4000, 0.1 mM Tris-HCl (pH 8.5), and 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 9945 / Num. obs: 8105 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / % possible all: 45 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 30.243 / SU ML: 0.357 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.266 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 34.2285 Å / Origin y: 20.6076 Å / Origin z: -7.7637 Å
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精密化 TLSグループ |
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