PDB-3ca8: Crystal structure of Escherichia coli YdcF, an S-adenosyl-L-methi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ca8

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli YdcF, an S-adenosyl-L-methionine utilizing enzyme

要素

Protein ydcF

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / two domains / alpha/beta fold / helix bundle / Structure 2 Function Project / S2F

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lim, K. / Chao, K. / Lehmann, C. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: The Escherichia coli YdcF binds S-adenosyl-L-methionine and adopts an alpha/beta-fold characteristic of nucleotide-utilizing enzymes.
著者: Chao, K.L. / Lim, K. / Lehmann, C. / Doseeva, V. / Howard, A.J. / Schwarz, F.P. / Herzberg, O.

履歴

登録	2008年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ca8.cif.gz	133.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ca8.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ca8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ca8_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ca8_full_validation.pdf.gz	480.1 KB	表示
XML形式データ	3ca8_validation.xml.gz	30.7 KB	表示
CIF形式データ	3ca8_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3ca8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3ca8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2oax-6 5h2u-2 2w8y-2 2bv5-d 3wby-2 1rhk-d 3kv8-d 4fn9-2 4pf3-d 4fne-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ydcF

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein ydcF

B: Protein ydcF

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein ydcF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein ydcF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.795, 39.710, 122.645
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein ydcF 分子量: 29735.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ydcF, b1414, JW1411 / プラスミド: pET100/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34209
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 1.7 M Ammonium sulfate, 4 % MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月1日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 54189 / Num. obs: 54189 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散,

分子置換
開始モデル: Structure solved by MAD from the data collected in R3 space group, then molecular replacement using that model for the native single wavelength data collected in P21 space group

解像度: 1.8→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Program CNS has also been used in refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	4159	-	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	-	54139	-	-
obs	-	54139	93 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4090	0	152	723	4965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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