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万見
- PDB-3c9b: Crystal structure of SeMet Vps75 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c9b
タイトルCrystal structure of SeMet Vps75
要素Vacuolar protein sorting-associated protein 75
キーワードCHAPERONE / chromatin / HAT / histone chaperone / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / protein modification process / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein transport / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / identical protein binding ...H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / protein modification process / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein transport / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP)
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 75
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Keck, J.L. / Berndsen, C.E. / Tsubota, T. / Lindner, S.E. / Lee, S. / Holton, J.M. / Kaufman, P.D. / Denu, J.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular functions of the histone acetyltransferase chaperone complex Rtt109-Vps75
著者: Berndsen, C.E. / Tsubota, T. / Lindner, S.E. / Lee, S. / Holton, J.M. / Kaufman, P.D. / Keck, J.L. / Denu, J.M.
履歴
登録2008年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 75
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 75


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4932
ポリマ－60,4932
非ポリマー00
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-23.2 kcal/mol
Surface area21700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.203, 88.937, 94.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 75


分子量: 30246.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS75 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: P53853
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M K Formate, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月17日 / 詳細: 0.9795,0.9686
放射モノクロメーター: KHOZU double flat crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→20 Å / Num. all: 26011 / Num. obs: 26011 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.42→2.55 Å / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.42→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 17.626 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1312 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 26011 --
obs0.214 26009 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.141 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3319 0 0 279 3598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9021.9484591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6625392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22624.104173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.83515619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4131517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22288
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.310.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7721.52034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32223198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98431601
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1714.51393
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.482 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 89 -
Rwork0.287 1779 -
all-1868 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1323-0.01070.5460.9951-0.19380.2990.02150.0139-0.02470.1269-0.0718-0.00870.0411-0.08120.0503-0.0466-0.01790.00560.0164-0.0156-0.051525.769470.580313.8667
20.13870.04530.2060.82760.29392.1444-0.02320.03590.0591-0.0955-0.181-0.1046-0.09350.04580.2042-0.02010.0185-0.0327-0.02780.0142-0.041734.386196.64544.8045
30.08060.15350.09150.55160.01640.19990.0361-0.0294-0.0092-0.0277-0.0592-0.0124-0.003-0.0250.023-0.03940.0095-0.00160.02580.0004-0.051230.255782.93111.1528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3A260 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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