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万見
- PDB-3c8p: X-ray structure of Viscotoxin A1 from Viscum album L. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c8p
タイトルX-ray structure of Viscotoxin A1 from Viscum album L.
要素Viscotoxin A1
キーワードTOXIN / helix turn helix
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Viscum album (ヤドリギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Pal, A. / Debreczeni, J.E. / Sevvana, M. / Gruene, T. / Kahle, B. / Zeeck, A. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structures of viscotoxins A1 and B2 from European mistletoe solved using native data alone
著者: Pal, A. / Debreczeni, J.E. / Sevvana, M. / Gruene, T. / Kahle, B. / Zeeck, A. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2008年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Viscotoxin A1
B: Viscotoxin A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7932
ポリマ－9,7932
非ポリマー00
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.730, 65.730, 47.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3127-

HOH

21A-3135-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Viscotoxin A1


分子量: 4896.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: D0VWT3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 1.4M Sodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K, pH 7.50

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極BRUKER AXS MICROSTAR11.54
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B21
検出器
タイプID検出器日付詳細
BRUKER SMART 60001CCD2004年10月10日OSMIC FOCUSSING MIRRORS
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE2005年2月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1CU K A CRYSTAL MONOCHROMATORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Silicon Double Crystal MonochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
211
反射解像度: 1.25→47.16 Å / Num. obs: 29217 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0891 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.25→1.35 Å / 冗長度: 1.75 % / Rmerge(I) obs: 0.3038 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Rsym value: 0.3038 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
XPREPデータ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→47.16 Å / Num. parameters: 7269 / Num. restraintsaints: 8599 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1445 4.95 %RANDOM
all0.1498 29166 --
obs0.151 -100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MEWS AND KRETSINGER
原子変位パラメータBiso mean: 17.81 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum non hydrogen: 801.79
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→47.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数674 0 0 135 809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.36
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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