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- PDB-3c8n: Crystal structure of apo-FGD1 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c8n
タイトルCrystal structure of apo-FGD1 from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel / non-prolyl cis-peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme-F420) / glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme F420) activity / Cell redox homeostasis / coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall / carbohydrate metabolic process / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase-related / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bashiri, G. / Squire, C.J. / Moreland, N.J. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1 involved in the activation of the anti-tuberculosis drug candidate PA-824 reveal the basis of coenzyme and substrate binding.
著者: Bashiri, G. / Squire, C.J. / Moreland, N.J. / Baker, E.N.
履歴
登録2008年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1
B: Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1
C: Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1
D: Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7614
ポリマ－158,7614
非ポリマー00
水6,684371
1
A: Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1
B: Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3802
ポリマ－79,3802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
手法PISA
2
C: Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1
D: Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3802
ポリマ－79,3802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.954, 89.133, 90.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Probable F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1 / Glucose-6-phosphate dehydrogenase / F420-dependent


分子量: 39690.125 Da / 分子数: 4 / 変異: L243M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: fgd1, fgd, MT0420, Rv0407 / プラスミド: pYUB1049 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC(2) 4517
参照: UniProt: P96253, UniProt: P9WNE1*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.4 M Tri-sodium citrate, 0.1% Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.97929, 0.91162, 0.97941
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2007年2月15日Mirrors
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE2006年11月15日Osmic
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.911621
30.979411
41.54181
反射解像度: 1.9→40.1 Å / Num. all: 101311 / Num. obs: 101311 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0008精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→40.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.379 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 5077 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 101282 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.05 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10324 0 0 371 10695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02210651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.94814472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.83351342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10322.998497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.082151642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6411588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.25249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.27078
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8941.56843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.241210599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12934406
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9484.53866
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 348 -
Rwork0.299 6883 -
all-7231 -
obs--97.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5227-0.119-0.02421.10280.16410.7435-0.05720.05010.01-0.10430.0410.1964-0.0693-0.16410.0162-0.05260.0023-0.0435-0.09050.0130.053336.38942.75593.237
22.1463-0.61980.92450.8602-0.11771.5206-0.0367-0.0401-0.0264-0.07210.0901-0.05990.10290.0894-0.0534-0.00240.01370.0175-0.1078-0.02170.037169.41126.574100.643
31.11030.32910.20520.68260.28390.9504-0.0304-0.31560.0820.0642-0.00280.08210.1022-0.13760.0332-0.05610.02860.02420.0118-0.023-0.008141.04625.556132.261
40.88760.2945-0.03160.7599-0.03921.1565-0.0208-0.25730.07560.0820.05-0.0751-0.0890.2045-0.0292-0.06790.0332-0.04430.0409-0.0964-0.00373.15238.764133.898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA147 - 334167 - 354
2X-RAY DIFFRACTION2BB3 - 4323 - 63
3X-RAY DIFFRACTION2AA6 - 3426 - 54
4X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 33423 - 354
5X-RAY DIFFRACTION4DD3 - 33423 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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