PDB-3c8m: Crystal structure of homoserine dehydrogenase from Thermoplasma v...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c8m

タイトル

Crystal structure of homoserine dehydrogenase from Thermoplasma volcanium

要素

Homoserine dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / APC89447 / homoserine / dehydrogenase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

homoserine dehydrogenase / homoserine dehydrogenase activity / threonine biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma volcanium GSS1 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Hendricks, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of homoserine dehydrogenase from Thermoplasma volcanium.
著者: Osipiuk, J. / Hendricks, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c8m.cif.gz	86.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c8m.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c8m_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c8m_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	3c8m_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	3c8m_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/3c8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/3c8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5c7v-d 6bu1-d 3jsa-1 1d3u-d 5cc3-d 5cew-d 5vfb-1 4r7w-2 4dqq-2 5cah-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC89447

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Homoserine dehydrogenase

ヘテロ分子

37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Homoserine dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Homoserine dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.404, 108.404, 60.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-407- HOH
2	1	A-481- HOH

詳細

AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION.

#1: タンパク質	Homoserine dehydrogenase 分子量: 37125.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium GSS1 (古細菌) 生物種: Thermoplasma volcanium / 株: GSS1 / DSM 4299 / IFO 15438 / JCM 9571 / 遺伝子: TVG0375766, TV0389 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97BR6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.12 M Tris buffer, 2 M Ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月4日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→37.2 Å / Num. all: 32528 / Num. obs: 32528 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 33.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 1.332 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Num. unique all: 3209 / Χ²: 1.119 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.805 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.177	1640	5.1 %	RANDOM
R_work	0.156	-	-	-
all	0.157	32410	-	-
obs	0.157	32410	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	-0.11 Å²	0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2550	0	20	342	2912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.982	3805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.973	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.793	24.088	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.589	15	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.536	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.997	1.5	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.58	2	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.6	3	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.884	4.5	1033

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	125	-
R_work	0.187	2220	-
all	-	2345	-
obs	-	2345	98.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6686	0.0481	0.7194	2.1553	2.0552	2.1297	0.0014	0.2462	-0.0144	-0.2162	0.0063	-0.1149	-0.1513	0.1077	-0.0077	0.0092	-0.0007	0.0242	0.0667	0.0026	0.0767	49.7176	45.4226	-2.4085
2	2.3287	-0.7805	1.331	1.0989	-0.745	1.7564	-0.0323	0.0656	-0.0103	-0.0611	0.0162	-0.0924	-0.0336	0.0731	0.0161	0.0055	-0.0069	0.024	0.0713	0.03	0.0699	54.9998	47.5196	-0.4174
3	2.6286	1.3331	-0.0858	5.3282	-1.7232	0.6432	0.0505	0.2396	-0.2293	-0.1216	-0.0482	-0.5099	0.0312	0.1049	-0.0023	0.0021	0.0241	0.033	0.0766	-0.0241	0.1261	59.3638	39.0707	-3.2405
4	6.9568	-0.6242	-0.2789	0.2351	-1.1879	8.2241	-0.2115	0.1726	-0.5113	0.1055	-0.0535	-0.1807	0.9014	0.3898	0.265	0.0345	-0.005	0.0345	0.1103	0.02	0.1841	63.9568	44.9703	7.0263
5	0.9422	0.2148	-0.7545	0.3109	-0.1366	1.0732	0.0056	-0.1352	0.0621	-0.0212	0.0213	-0.0271	-0.0262	0.0328	-0.0268	0.0271	0.0046	-0.013	0.0796	0.0024	0.0805	47.3079	49.1644	15.5391
6	0.8261	0.1792	0.1568	0.0389	0.034	0.0298	0.013	-0.0483	0.0858	-0.0088	-0.0445	-0.0209	-0.0415	-0.0869	0.0314	0.0531	0.0191	-0.0029	0.0672	0.0021	0.0763	35.9762	52.6725	9.523
7	1.5072	-1.3931	0.0649	2.132	-0.0232	0.9634	-0.0355	-0.1429	-0.0258	-0.0221	-0.0056	0.0715	0.0286	-0.0935	0.0411	0.0479	0.0023	0.0175	0.0719	0.0127	0.0554	26.3171	30.1183	13.2988
8	8.3864	-4.2091	-5.0245	10.962	-7.9251	15.343	-0.0506	-0.3984	0.2807	1.0532	-0.0166	-0.6679	-0.631	0.9827	0.0672	0.1876	0.0326	-0.0233	0.0953	-0.0014	0.0329	39.7845	18.683	11.8656
9	0.2368	0.6533	0.0153	2.3049	0.6351	1.2454	-0.0227	-0.078	-0.0228	0.1375	0.0543	-0.2065	0.0898	0.0238	-0.0316	0.0382	0.0241	0.0068	0.0992	0.0145	0.035	32.8755	38.3832	20.9554
10	9.5327	-2.7451	10.463	3.6414	-1.2553	12.5677	-0.4395	-0.1367	-1.5626	0.4284	0.8066	0.2847	-0.0251	-0.2493	-0.3671	0.1646	-0.0111	0.0952	0.1033	0.1855	0.1243	25.2247	20.1109	21.3659
11	0.9805	0.0064	-0.0346	5.8923	2.6313	1.4728	0.0153	-0.2255	0.0243	-0.106	-0.0031	-0.0671	-0.0672	-0.3225	-0.0122	0.0349	0.0345	0.013	0.1159	0.0102	0.024	21.8732	39.4824	18.9982
12	1.4899	0.4588	0.0429	0.8096	0.1132	4.5222	-0.0412	-0.0433	-0.0128	0.0012	-0.0579	0.06	0.0963	-0.5642	0.099	-0.0064	-0.0104	0.0148	0.1027	-0.0076	0.0709	19.0402	31.3848	12.1261
13	1.4247	-1.0167	-0.3752	1.7302	0.4176	0.1212	-0.0326	-0.0963	-0.0473	-0.0299	0.0695	-0.011	0.0205	0	-0.0369	0.0519	0.0255	0.0058	0.0809	0	0.0493	23.7024	39.5632	4.6599
14	3.4263	0.72	-0.3335	8.1382	1.697	1.3842	0.0598	0.215	0.0834	-0.0266	-0.0729	0.106	-0.1139	0.0465	0.0131	0.0162	0.0243	-0.0013	0.088	0.01	0.0509	40.8018	45.9665	0.5669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 27	4 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	28 - 50	31 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	51 - 65	54 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	66 - 81	69 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	82 - 130	85 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	131 - 163	134 - 166
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	164 - 190	167 - 193
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	191 - 204	194 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	205 - 241	208 - 244
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	242 - 250	245 - 253
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	251 - 267	254 - 270
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	268 - 283	271 - 286
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	284 - 307	287 - 310
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	308 - 325	311 - 328

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