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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c8h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the enterobactin esterase FES from Shigella flexneri in the presence of 2,3-Di-hydroxy-N-benzoyl-serine | ||||||
![]() | Enterochelin esterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-beta-alpha sandwich / IroD / Iron aquisition / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() enterochelin esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Maltseva, N. / Abergel, R. / Holzle, D. / Raymond, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Siderophore Mediated Iron Acquisition: Structure and Specificity of Enterobactin Esterase from Shigella flexneri. 著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Abergel, R. / Holzle, D. / Raymond, K. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 616.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 514.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 474 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 545.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 89.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46304.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / Serotype 2a / 遺伝子: fes, S0503, SF0497 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20 % PEG 3000, 0.1 M Tri-sodium citrate pH 5.6, 3 mM DHBS, 1 mM FeCl3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月3日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→47.23 Å / Num. all: 57160 / Num. obs: 57160 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.47 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.48→2.59 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 4512 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 76 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2B20 解像度: 2.48→47.23 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: 1. TWINNING: TWIN LAW=-H,-K,L, TWIN FRACTION: 0.502. 2. Structure has been refined using PHENIX.REFINE, PHENIX.XTRIAGE programs. 3. When refining TLS, the output PDB file always has the ...詳細: 1. TWINNING: TWIN LAW=-H,-K,L, TWIN FRACTION: 0.502. 2. Structure has been refined using PHENIX.REFINE, PHENIX.XTRIAGE programs. 3. When refining TLS, the output PDB file always has the ANISOU records for the atoms involved in TLS groups. The anisotropic B-factor in ANISOU records is the total B-factor (B_tls + B_individual). The isotropic equivalent B-factor in ATOM records is the mean of the trace of the ANISOU matrix divided by 10000 and multiplied by 8*pi^2 and represents the isotropic equivalent of the total B-factor (B_tls + B_individual). To obtain the individual B-factors, one needs to compute the TLS component (B_tls) using the TLS records in the PDB file header and then subtract it from the total B-factors (on the ANISOU records).
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溶媒の処理 | Bsol: 53.56 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→47.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree: 0.32 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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