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- PDB-3c7k: Molecular architecture of Galphao and the structural basis for RG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c7k
タイトルMolecular architecture of Galphao and the structural basis for RGS16-mediated deactivation
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
  • Regulator of G-protein signaling 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / RGS / Galpha / AlF4 heterotrimeric G-protein GAP / GTP-binding / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Palmitate / Transducer / Phosphoprotein / Signal transduction inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


G alpha (z) signalling events / Ca2+ pathway / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / vesicle docking involved in exocytosis / GTPase activating protein binding / parallel fiber to Purkinje cell synapse / : ...G alpha (z) signalling events / Ca2+ pathway / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / vesicle docking involved in exocytosis / GTPase activating protein binding / parallel fiber to Purkinje cell synapse / : / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of insulin secretion / negative regulation of signal transduction / G protein-coupled serotonin receptor binding / GABA-ergic synapse / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / locomotory behavior / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / myelin sheath / presynaptic membrane / cell body / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / GTPase activity / glutamatergic synapse / dendrite / GTP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. ...Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 - #10 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 1 / RGS, subdomain 1/3 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Regulator of G-protein signaling 16
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Slep, K.C. / Kercher, M.A. / Wieland, T. / Chen, C. / Simon, M.I. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Molecular architecture of G{alpha}o and the structural basis for RGS16-mediated deactivation.
著者: Slep, K.C. / Kercher, M.A. / Wieland, T. / Chen, C.K. / Simon, M.I. / Sigler, P.B.
履歴
登録2008年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
B: Regulator of G-protein signaling 16
C: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
D: Regulator of G-protein signaling 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,57610
ポリマ－105,4354
非ポリマー1,1416
水1086
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
B: Regulator of G-protein signaling 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2885
ポリマ－52,7182
非ポリマー5703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
D: Regulator of G-protein signaling 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2885
ポリマ－52,7182
非ポリマー5703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.357, 96.357, 235.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha


分子量: 37854.863 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 22-354 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnao1, Gna0, Gnao / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P18872
#2: タンパク質 Regulator of G-protein signaling 16 / RGS16 / Retinally abundant regulator of G-protein signaling / RGS-R / A28-RGS14P


分子量: 14862.650 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 53-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rgs16, Rgsr / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97428

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 8000 200 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月1日 / 詳細: X25 Optics
放射モノクロメーター: X25 Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 33119 / Num. obs: 27489 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 93.1 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 20.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AGR

1agr


解像度: 2.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 2365 8.2 %random
Rwork0.25 ---
obs-24012 83 %-
溶媒の処理Bsol: 37.083 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 87.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.619 Å2-17.322 Å20 Å2
2---10.619 Å20 Å2
3---21.238 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6815 0 68 6 6889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.346
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3gdp.prm
X-RAY DIFFRACTION4alf4.prm
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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