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万見
- PDB-3c78: 0.98 A crystal structure of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c78
タイトル0.98 A crystal structure of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus containing FE(III) 2,4 dimethyl deuteroporphyrin ix complexed with ammonia at ph 7.5
要素Nitrophorin-4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LIPOCALIN / BETA BARREL / FERRIC / HEME ANALOG / FE(III) 2 / 4 DIMETHYL DEUTEROPORPHYRIN IX / Iron / Metal-binding / Secreted / Vasoactive / Vasodilator
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(III) 2,4-DIMETHYL DEUTEROPORPHYRIN IX / AMMONIA / Nitrophorin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Amoia, A.M. / Montfort, W.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Heme Distortion in Nitrophorin 4: High Resolution Structures of Mutated Positions L123V and L133V and Heme Altered Proteins
著者: Amoia, A.M. / Montfort, W.R.
履歴
登録2008年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年3月4日ID: 2AT7
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Nitrophorin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9023
ポリマ－20,2931
非ポリマー6092
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.873, 42.490, 52.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-753-

HOH

21X-814-

HOH

31X-874-

HOH

41X-980-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitrophorin-4 / NP4


分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: PET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q94734
#2: 化合物 ChemComp-NH3 / AMMONIA / アンモニア


分子量: 17.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH3
#3: 化合物 ChemComp-FDD / FE(III) 2,4-DIMETHYL DEUTEROPORPHYRIN IX


分子量: 592.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.94 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月23日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATING)
放射モノクロメーター: BENT GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→20.28 Å / Num. obs: 75395 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.52 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 0.98→1.02 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClearV. 1.3.6 D*TREK (MSC/RIGAKU)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1X8P

1x8p


解像度: 0.98→20.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.746 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 3769 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 75355 85.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.26 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→20.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1734 0 42 278 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4461.9842555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.065246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0225.55681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.11515304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.927153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3760.21014
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0220.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5731.51140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24821836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9313818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6374.5717
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.11831958
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.4823279
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.85731775
LS精密化 シェル解像度: 0.98→1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 192 -
Rwork0.265 4332 -
obs--70.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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