+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c78 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 0.98 A crystal structure of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus containing FE(III) 2,4 dimethyl deuteroporphyrin ix complexed with ammonia at ph 7.5 | |||||||||
![]() | Nitrophorin-4 | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / LIPOCALIN / BETA BARREL / FERRIC / HEME ANALOG / FE(III) 2 / 4 DIMETHYL DEUTEROPORPHYRIN IX / Iron / Metal-binding / Secreted / Vasoactive / Vasodilator | |||||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Heme Distortion in Nitrophorin 4: High Resolution Structures of Mutated Positions L123V and L133V and Heme Altered Proteins 著者: Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 85.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NH3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FDD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.94 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月23日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATING) |
放射 | モノクロメーター: BENT GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→20.28 Å / Num. obs: 75395 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.52 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 30.3 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→1.02 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 72 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1X8P 解像度: 0.98→20.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.746 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.95 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→20.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 0.98→1 Å / Total num. of bins used: 20
|