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万見
- PDB-3c6q: Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c6q
タイトルApo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
要素Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glucose binding protein / xylose binding protein / periplasmic binding protein / glucose / xylose
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Hellinga, H.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Open to closed transition of a thermophilic glucose binding protein
著者: Cuneo, M.J. / Hellinga, H.W.
履歴
登録2008年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
C: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
D: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,1286
ポリマ－134,8284
非ポリマー3002
水6,215345
1
B: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7071
ポリマ－33,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7071
ポリマ－33,7071
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8572
ポリマ－33,7071
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8572
ポリマ－33,7071
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.100, 75.750, 100.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999999, 0.000372, -0.001637), (0.000372, -1, 0.000139), (-0.001637, -0.00014, -0.999999)40.567001, 0.431856, 50.215801
3given(0.999994, 0.001311, -0.003345), (0.001314, -0.999999, 0.000745), (-0.003344, -0.000749, -0.999994)40.692101, -75.280701, 50.115398
詳細The biolgical assembly is a monomeric protein consisting of a single polypeptide chain. In this structure there are two forms, one of which has xylose bound, the other does not.

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要素

#1: タンパク質
Sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein


分子量: 33706.934 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 32-335 / 変異: E41C, E163C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0114 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WXW9
#2: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M HEPES, 23% PEG 10000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 11.86 / 数: 172271 / Rmerge(I) obs: 0.098 / D res high: 2.3 Å / Num. obs: 53176 / % possible obs: 97.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
620306196.510.02
4.56422199.710.037
3.24.51292899.610.075
33.2422999.310.2
2.73899199.110.277
2.52.7861598.810.289
2.42.5538898.410.278
2.32.4574389.310.273
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 53176 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.874 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11.86
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. measured obs: 16111 / Num. unique all: 16111 / Num. unique obs: 5743 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 2H3H

2h3h


解像度: 2.3→19.868 Å / FOM work R set: 0.753 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 2659 5 %
Rwork0.214 --
obs-53174 98.24 %
溶媒の処理Bsol: 17.196 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 131.39 Å2 / Biso mean: 39.56 Å2 / Biso min: 4.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.267 Å20 Å20.057 Å2
2--0.318 Å2-0 Å2
3----3.585 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9198 0 20 345 9563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.021
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.1071
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.3093 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.4041 -
obs-183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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